Bediüzzaman, Afyon hapsinde çektiği işkenceli, tecridli ve zulüm dolu 20 aylık çileli hayatı sona erince hapisten çıkar.

Afyon hapishanesinin geçmişten gelen geleneğine göre tahliyeler hep sabah saat on civarında olurdu. Ancak bu defa bir istisna oldu ve Bedüüzzaman'a özel bir kural uygulandı. Bediüzzaman, 20 Eylül 1949 günü şafak ile sabah namazı vaktinde hapisten gizli bir şekilde çıkarılıp polislere teslim edildi. Cezaevi yönetimine "Neden böyle bir ayrıcalık uygulandı" diye sorulduğunda "Emir böyle!" denildi. Polisler o emre uyarak Bediüzzaman'ı alarak önceden Zübeyir Gündüzalp tarafından kiralanan ve Mustafa Sungur ile Ziya Arun'un kaldıkları eve götürdüler.

Bediüzzaman, Afyon hapsinden tahliye edilmişti ama gayrı resmi ve keyfi ikinci bir hapis cezası gibi olan polis gözetimi süreci başlamıştı. Kanunsuz yapılan bu uygulama ile Ankara'dan gelecek yeni bir emirle mecburi iskân yeri beklenmiş. Bu emir çerçevesinde Afyon'da yetmiş iki gün sıkı bir şekilde polis kontrolünde tutulmuştu. Evin kapısında üç polis geceli gündüzlü hiç ayrılmadan nöbet tutmuştu. Hapisten çıktığı için halini sormak isteyen ve geçmiş olsun demeye gelen vatandaşlar rahatsız edilmiş, çoğu zaman engellenmişti. Bediüzzaman'a yapılan baskı ve tecrid adeta onu hapisten çıktığına pişman etmişti. Yukardan gelen emir gereği vatandaşı Bediüzzaman ile görüştürmeme ve konuşturmama planı zalimce uygulanmıştı. Hâlbuki 1947 yılında çıkan af kanuna göre Bediüzzaman dâhil sürgünde bulunan herkese serbestlik gelmişti. Herkes istediği yere gidebilirler ve yerleşebilir diye yasa çıkmıştı. Yasa, sürgünü olan herkesi kapsarken yalnız Bediüzzaman uygulama dışında bırakılmıştı. Bediüzzaman'ın Afyon'daki evinde sıkı kontrol ve baskı tam yetmiş iki gün sürmüştü. Nihayet yetmiş iki gün sonra bakanlar kurulu kararıyla emir gelmiş ve gelen emirde polisler refakatinde Bediüzzaman eskiden kaldığı Emirdağ'a götürülecek ve sıkı gözetim ve kontrol altında tutulacaktı.

Bediüzzaman, Afyon'da evde iken kapı komşusu Hallaç Hilmi Pancaroğlu'nun şöyle bir hatırası vardır: "Bediüzzaman'ı Afyon'da iki ay kadar kaldığı dükkânının yanındaki evde tanıyıp ziyaret ettim. Zübeyir Gündüzalp ve Hüsrev Altınbaşak onun hizmetinde idiler. Büyük bir din âlimi olmasına rağmen sabahtan akşama kadar polisler kapısında bekler eve girip çıkanları tespit ederdi. Bir gün Bediüzzaman'ın kapısında görevli polislerin bardaktan boşalırcasına yağmurdan korunmak için karşıdaki dükkâna sığındığında bunu fırsat bildim ve Bediüzzaman'ın evine koşarak içeri girdim. Zübeyir Gündüzalp kapıyı açtı. Eğer müsaade ederseniz hoca efendiyi ziyaret etmek istiyorum." dedim. Zübeyir Gündüzalp "Kendilerine bildireyim" diye yukarı çıktı. Bir müddet sonra geldi ve "Buyurun üstadı ziyaret edebilirsiniz." dedi. Bunun üzerine merdivenlerden heyecanla çıktım. İçeriye girdiğimde Bediüzzaman Kur'an okuyordu. Yanına yaklaştım ve elini öptüm. Bediüzzaman, "Mesleğin nedir" diye sordu. Hallaç olduğumu söyledim. Ardından Hilmi Pancaroğlu "Babam hocadır, size selam ve hürmetleri var. Fakat korkusundan ziyaretinize gelemiyor" dedikten bir müddet sonra elini öpüp ayrıldım. Hallaç Hilmi Pancaroğlu aradan uzun yıllar geçtikten sonra bir sohbetinde üstadı ziyaret ettiği günü unutamadığını ve aynı manzarayı birkaç kez rüyasında gördüğünü ifade etmiştir.