Hastalığını öğrendiği zaman Cihân Padişah'ı Kânûnî Sûltân Süleyman'ın; "Halde haldaşım, sinde sindaşım, âhiret karındaşım, tarîk-i hakda yoldaşım Molla Ebüssuûd Efendi Hazretleri" diye mektup yazdığı kişi dönemin büyük âlimi Muhammed Ebûssuûd Efendi 30 Aralık 1490 yılında İstanbul'da şimdi Esenler'de su kemeri mevkiinde ki Müderris Köyünde dünyaya geldi.

Bu köy Fatih Sûltân Mehmed'in Hocası olan ve ömrünün sonuna doğru Semerkand'a giderek Ubeydullah Ahrâr Hazretlerine intisap eden müderris Alaaddin Tûsi'ye verildiği için müderris köyü olarak isimlendirilmiştir. Ebûssuûd Efendi'nin babası Şeyh Yavsî de bir müddet burada kalmıştır.

Babası Şeyh Muhyiddin Yavsî meşhûr astronomi âlimi Ali Kuşçu'nun yeğenidir ve amcası Ali Kuşçu'nun kızı Sultan Hâtunla evlenmiştir. Yâni Ebûssuûd Efendi'nin annesi Ali Kuşçu'nun kızıdır. Ebûssuûd Efendi'nin dedesi Semerkand'dan gelip İskilip'e yerleşmiştir. Babası Şeyh Yavsî, şehzâdelik yıllarını Amasya'da geçiren II. Bâyezid'in Hocası idi. 1480 senesinde Şehzâde Bâyezid'e bir yıl sonra tahta geçeceği müjdesini vermiştir.

Şehzâde Bâyezid 1481 yılında babası Fatih Sûltân Mehmed'in yerine tahta geçince Hocası Şeyh Yavsî'yi de İstanbul'a dâvet eder. Ebûssuûd Muhammed Efendi de İstanbul'da Ali Kuşçu'nun torunu olarak dünyaya gelir.

Ebûssuûd Muhammed Efendi'nin; Abdülfettah, Mehmed ve Nasrullah adında üç erkek ve iki de kız kardeşi vardır. Kardeşi Nasrullah, İskilip'e dönerek irşada devam eden ve orada medfun bulunan babasının vefâtından sonra halifesi olarak irşad görevine vefât ettiği 1566 yılına kadar İstanbul'da devam etmiş ve defnedildiği Eyüpsultan'daki kabrinde kendisinden 8 sene sonra dünyasını değiştirecek olan Ebûssuûd Efendiye komşuluk yapmak için beklemeye başlamıştır.

Diğer kardeşi Mehmed Efendi halvetî halifesi olarak Üsküdar Vâlide Atik Camiinde uzun yıllar vaaz verdikten sonra vefât etmiş ve bu caminin mihrabının önüne defnedilmiştir.

Rûkiye adlı kız kardeşi; Bakü'ye giderek 12 yıl yanında kaldığı Yahya Şirvânî Hazretlerinden icâzet alan NiğdeOrtaköy'lü Halvetî Şeyhi Habib Karamâni ile evlenerek Amasya'ya taşınmış, diğer kız kardeşi de babasının halifelerinden Müeyyedzâde Abdurrahim ile evlenmiş, Ali Çelebi adında bir oğlu olmuştur.

Ebüssuûd Efendi ise o dönem Osmanlı medreselerinde okutulan bütün dersleri, amcası ve kayınpederi Ali Kuşçu'dan hadis icâzeti de alan babası Şeyh Yasvî'den tahsil etmiştir. Ayrıca babasından tasavvuf dersleri de alarak seyrüsülûğunu tamamlamıştır. Ayrıca, Müeyyedzâde Abdurrahman Efendi ile kızı Zeynep Hanımla evli olduğu kayınpederi Mevlânâ Seyyid Süleyman Karamâni'den de ders almıştır.

Atandığı Çankırı Medresesindeki görevine gitmeyince, İnegöl İshak Paşa Medresesi'ne müderris olarak atandı, dört yıl sonra da Davud Paşa Medresesinde görev verildi. İki yıl sonra getirildiği Mahmud Paşa Medresesinde 1525 yılına kadar çalıştı. Ardından ilmini Gebze ve Bursa Medreselerinde talebelere aktardı. 1528'de ise İstanbul Fâtih Sahn-ı Semân Medreselerinin müderrisliklerine getirildi.

1532'de önce Bursa, altı ay sonra da 1533'de İstanbul kadısı oldu. Kânûni'nin 1537'de Korfu Seferi sırasında Rumeli kazaskerliğine yükseldi. 8 yıl bu görevi başarı ile ifâ etti. Yükselişine devam eden Ebûssuûd Efendi meşhûr Molla Fenârî'nin torunlarından Muhyiddin Efendi'nin yerine 1545 yılında Şeyhülislâmlık görevine atandı.

Kânûnî ile oğlu II. Selim döneminde 28 yıl 11 ay süren görevi vefâtına kadar devam etti. Sûltân II. Selim Hân'ın vefâtından 3 ay, 23 gün önce dünyasını değiştirdiğinde 83 yaşını 7 ay, 24 gün geçiyordu. Cenâze namazını eski İstanbul Kadısı ve Anadolu Kazaskeri aynı zamanda Ebûssuûd Efendi'nin eniştesi Şeyh Habib Karamâni'nin halifesi olan Muhaşşî Sinan Efendi kıldırdıktan sonra Eyüpsultân'da kardeşi Nasrullah'ın yanına defnedildi.

Yaklaşık 29 yıl Şeyhülislâm olarak görev yapan Ebûssuûd Efendi bu süre içerisinde Hânefi hukuku ile Türk-Örfî Sûltânî hukukunu bağdaştırarak günün ihtiyaçlarına en iyi şekilde cevap verebilecek kânunlar yapan büyük bir hukukçudur. O devrin kânûnlarını dinin hükümlerine uygun şekle sokmuştur. Bundan dolayıdır ki Sûltân Süleyman'a Kânûnî mahlasının verilmesinin arkasında O vardır.

Türk Cihân İmparatorluğunun yeniden teşkilatlandırılmasında Kânûnî Sûltân Süleyman'ın en büyük yardımcısı O olmuştur. Süleymaniye Camii'nin yapılışında mihrab'ın temel taşını O koymuştur.

Kânûnî her işini fetvâ üzerine yapmıştı. Hatta vasiyeti üzerine bu fetvâlar küçük bir sanduka içerisinde vefâtında kabrine konulunca, çoğunu kendi yazdığı bu fetvâlar üzerine Ebûssuûd Efendi; "Sen kendini kurtardın, benim hâlim nice olacaktır" demekten kendisini alamamıştır.