Bu zamanda "mânevi cihad"ın esas olduğunu beyân eden Bediüzzaman, İslâmın istiklâl ve haysiyeti, ülkenin şerefi ve izzetinin hakkı için maddi cihadın icâbını da hakkıyla ifa eder.İstanbul'un ve Anadolu'nun işgaline karşı çıkıp Kuvay-ı Milliyeye fedakârâne destek veren âlim ve mücâhidlerin başında yer alır. Kasım 1918'de İstanbul'a asker çıkarıp işgal eden İngilizlerin istilâcı politikalarına kamuoyu oluşturmaya uğraşmaları üzerine İngiliz propagandalarınnın etkisini kırmak ve halkı ikaz için "Hutuvat-ı Sitte" (şeytanın altı aldatması) adlı eserini gizli olarak bastırır. İngiliz istilacıların yüzlerine tükürürcesine matbaa lisânıyla, şehâmet-i îmaniye ile İslâm'ın izzet ve şerefini haykırır. İstanbul'daki İngiliz İşgal Kuvvetleri Komutanı General Harrington'ın emriyle ölü veya diri ele geçirilmek üzere her tarafta aranan Bediüzzaman, bu eserini İstanbul'da dağıttırır. Böylece kamuoyunda İngiliz aleyhtarlığı uyanır, işgal propagandası etkisini kaybeder. Bunun üzerine İngilizler bu millî direnişi kırmak için kontrol ettikleri resmî makamları kullanmaya koyulurlar. Kontrollerindeki bazı çevrelerin de baskısıyla başta dönemin Şeyhülislamı Dürrizâde Abdullah Efendi olmak üzere resmî hocalara Kuvay-ı Milliye ve Anadolu'daki İstiklâl Harbi'nin aleyhinde "fetvalar" çıkartırlar. "KUVA-YI MİLLİYE ALEYHTARI FETVALAR MUALLELDİR..." Zorla "yazdırılan" bütün bu "fetvalar"a karşı harekete geçen 76 müftü, 36 ilim adamı ve 11 mebus, isnadları tesirsiz hale getiren mukabil fetvalar yayınlarlar. Bediüzzaman da bunların başında gelir. (Osmanlı Şeyhülislâmları, 260; Sarıklı Mücâhitler, 300; Risale-i Nur Hakkında İlmî Bir Tahlil, 71) Daha sonra Tulûat adlı eserinde derc ettiği "Anadolu aleyhine çıkmış olan fetvaya ne dersin" sualine Bediüzzaman, "Fetva-yı mahz (vatanın ve milletin maslahatına göre verilmiş bağımsız ve objektif bir fetva) değil ki itiraz edilmesin" diye cevap verir. Söz konusu "fetva"nın işgâli meşrulaştırmak ve Müslümanların direnişini kırmak kasdıyla "hazırlatıldığını" nazara verip, "Kim nazar etse bizzarure muradı (amacı) anlar" ifadesiyle fetvanın maksadını deşifre eder. "İrâde-i seniyenin işgal altında olduğu"nu, böyle bir idâreye bağlı makamın verdiği fetvanın sağlam olmayıp dinlenilmeyeceğini, buna mukabil işgalcilerle mücadelenin vecîbe olduğunu açıklar. Anadolu aleyhindeki davalarda Anadolu'nun da konuşturulması, ülkenin durumuna vâkıf siyasetçilerden ve hiçbir tesir altında kalmayan ulemadan müteşekkil bir heyet tarafından "maslahat-ı İslâmiye" (İslâmî maslahatlar) noktasında muhakeme edildikten sonra ancak "fetva"nın verilebileceğini kaydeder. Cihadın aleyhindeki "fetva"yı reddeder. "Düşman istilâsına karşı harekete geçenler asî değillerdir, fetva geri alınmalıdır" der. "Zaten şimdi bazı hakaikda (hakikatlerde) bir inkılâb var. Ezdat (zıtlar) isimlerini değiştirip, mübadele etmişler. Zulme adâlet, cihada bağy (isyan), esârete hürriyet nâmı veriliyor" diye mevzubahis fetvaları "muallel (hastalıklı, sakat ve kusurlu)" ilân eder. Devamında ise "Edirne Camiinde, bir İslâm hocasının lisânıyla, Venizelos gibi şeytan zâlime dua ettirilmesi"ne, "Merkez-i Hilâfette, Müslümanlar lisanıyla hizbüşşeytan (şeytan taraftarı) olan (İngiliz) ve Yunan askerlerini halâskâr (kurtarıcı), tathirci (temizleyici, pâklayıcı) ilân" edip "karşısındaki gürûh-u mücâhidini (mücâhitler kafilesini) câni, zâlim" niteleme garabetine dikkat çeker. İngiliz taraftarlığına dair fetvaları şiddetle takbih eder. (Eski Said Dönemi Eserleri, Yeni Asya Neşriyat, Tulûat, 574, 575) Buna "Değil Vahdeddin gibi mütedeyyin bir zât, hatta en fâcir bir adam da, yalnız ism-i hilâfeti taşıdığı için ihtiyarıyla etmez. Demek, mükrehtir (zorlanmıştır, zorla yaptırılmıştır). O halde ona itaat, adem-i itaattir (itaat etmemektir, emri dinlememektir)" der. (a.g.e., 451-452) "VENİZELOS GİBİ ŞEYTAN ZÂLİME DUA ETTİRİLDİ" Bediüzzaman'ın dikkat çektiği "camide Venizelos'a dua ettirilmesi" hâdisesi, Yunan'ın 25 Temmuz 1920'de işgal ettiği ve Rum Valinin yönettiği Edirne'de -Sevr'in imzalanmasından iki gün sonra- 12 Ağustos 1920'de meydana gelir. Devrin Şeyhülislâmı