İhsan Fazlıoğlu 'Derin Yapı: İslam-Türk Felsefe-Bilim Tarihinin Kavram Çerçevesi' kitabının oldukça hacimli birinci bölümünü Semerkant Matematik-Astronomi Okulu'na ayırıyor (Papersense Yayınları, 2015, 15-116). Ve bu okulun etkilendiği ve etkilediği düşünce merkezleri üzerinden siyasi yapılar farklı olsa da bu okullar aracılığıyla coğrafyalarda sağlanan fikri sürekliliği kapsamlı bir şekilde değerlendiriyor. Maveraünnehir ve Horasan bölgelerinde Nizamiye medreselerinden 165 yıl önce yani dokuz yüzlü yıllarda çok sayıda medrese olması da bu bölgedeki düşünsel üretimin nasıl geliştiği ve sonrasına nasıl ve hangi yollarla nerelere etki ettiğini anlama açısından oldukça kritiktir (sh.24). Bu bölge, XIV. yüzyılın sonu ile XVI. Yüzyılın başlarına kadar İslam dünyasının en üretken ilim bölgesi olmuştur (sh.39). Ayrıca, bu bölge 1259 yılında kurulan Merağa Matematik-Astronomi Okulu'nun mirasını özellikle Nasiruddin Tusi ve Kutbuddin Şirazi'nin riyazi-felsefi dili üzerinden tevarüs ederken İbn-i Sina'nın hikmet ve Fahreddin Razi'nin kelam mirasını da devralmıştır (sh.39).

Timur, başkenti Semerkant olan devletini Türk-Moğol-Fars unsurlarının terkibinden oluşan bir yapı olarak inşa ederken oğlu Şahruh kendisine Herat'ı başkent edinir ve bu bölgenin Nizamül-Mülk'e benzer şekilde Ehl-i Sünnet çizgisindeki dini ilimlerin merkezi haline getirir (sh.18). Bu misyonu medreselerde Sünni ulema, toplumsal alanda ise Nakşibendilik üzerinden yürütür (sh.19). Şia'ya karşı sünni geleneği güçlendirmeyi merkeze alan Herat'ta lisani ve dini ilimlerde önemli yeri olan Taftazani'nin öne çıkması tesadüf değildir. Taftazani geleneğinin İbn Arabi geleneğine karşı sert tavır alması ve bu bağlamda irfan-ı nazari ile uğraşmayan Nakşibendiliği öne çıkartması da tesadüfi değildir (sh.48). Diğer taraftan, Şahruh'un oğlu Baysungur tarafından da Herat bir edebiyat ve sanat şehri haline gelir (sh.20). Bu kültürel iklimde sadece Herat için değil tüm Müslüman coğrafyayı etkileyecek ve düşüncenin sürekliliğini sağlayacak çok sayıda âlim, sanatçı, şâir, hattat ve musikişinas yetişmiştir (sh.21).

Herat'ta Şahruh ve oğlu Baysungur üzerinden yukardaki bağlamda yoğun bir içerik üretimi devam ederken Şahruh'un diğer oğlu Uluğ Bey ise Semerkant'ta Herat'takine benzer eğitim sürmesine rağmen ağırlığı ta'limi-riyazi ilimler üzerinde olan bir Okul kurar (sh.21). Uluğ Bey küçüklüğünde Nasiruddin Tusi'nin kurduğu Merağa Matematik-Astronomi Okulu'nu ve rasathanesini ziyaret etmiştir (sh.31). Semerkant'ta Kadızade ve Uluğ Bey'in yanında tam zamanlı Cemşid Kâşi, Ali Kuşçu ve Seyyid Müneccim gibi bilginler yer alırken ders alma veya ders verme şeklinde kısa süreli Mansur Kaşani, Fethullah Şirvani, Abdulali Bircendi, Mu'inuddin Kaşani ve Abdurrrahman Cami gibi önemli şahsiyetlerin de bu okulla temasları olmuştur (sh.29).

Söz konusu dönemlerde ilim adamlarının farklı merkezlere doğru gidiş gelişleri gidilen yerdeki üretimi etkilediği gibi dönülen yere de bu birikimin taşınmasını, mayalanmasını ve böylece sürekliliğini sağlamıştır. Örneğin, Bursalı Kadızade Bursa'da tahsilini yaparken hocası Molla Fenâri'nin yönlendirmesiyle Semerkant'a gelmiştir (sh.41). Dolayısıyla, her bir merkez farklı okulların birikimlerini çok yakından takip edebilmiştir. Bu bağlamda, Semerkant Matematik-Astronomi Okulu da geniş bir birikimi tevarüs etmiştir: '…Cemşid Kaşi'nin verdiği bilgilerden Euklides'in Usulu'l-hendesesi'si ve batlamyus'un el-Macesti'si ile Nasiruddin Tusi'nin bu iki eser üzerine yazdığı Tahrirler yanında Merağa Matematik-Astronomi Okulu'nun ortak üretimi olan Zic-i İlhani; Nasiruddin Tusi'nin ünlü eseri et-Tezkire fi'l-hey'e'ye Nizamüddin Nisaburi ile Seyyid Şerif'in kaleme aldığı önemli Şerhler ve Kutbuddin Şirazi'nin et-Tuhfe'si yanında Nihayetu'l-idrak fi dirayeti'l-eflak'i; ilginç bir şekilde Ebu'r-Reyhan Biruni'nin el-Kanunu'l-Mes'udi'si Semerkant Medresesi'nde okunmuştur.' (sh.42-43).

Semerkant Matematik-Astronomi Okulu'nun ürettiği en önemli ortak eser dört bölümden oluşan (takvim ve tarihleri, vakitler, yıldızların konumları ve astroloji) Zic-i Uluğ Bey'dir (sh.36). Bu eserin yazılmasında en büyük katkıyı Uluğ Bey, Kadızade, Cemid Kaşi ve Ali Kuşçu yapmıştır (sh.37). Bu eser Osmanlı, Hindistan, Çin ve Avrupa'ya etki etmiştir (sh.43). Semerkant Matematik-Astronomi Okulu'nun birikimleri de ilim adamlarının bu merkezden göç etmeleriyle başta Osmanlı Devleti olmak üzere Hindistan ve Mısır'a taşınabilmiş, Batı Avrupa ve Hindistan'daki felsefe-bilim çevrelerinde etkili olabilmiştir (sh.43). Bu birikimin Osmanlı topraklarına taşınması Ali Kuşçu, Fethullah Şirvani ve Abdulali Bircendi üzerinden gerçekleşmiştir (sh.44).

Kadim felsefe-bilim anlayışında ilimler kapsamına aldığı ayaltı ve ayüstü âlemlerin konumlarına göre düşük (ulum-i edna), orta (ulumi evsat) ve yüksek (ulum-i ala) olmak üzere üçe ayrılmaktadır: ayaltı dünyayı kapsamına alan doğa bilimleri düşük kabul edilirken ay feleği ve atlas feleği ile sınırlı ayüstü dünyayı kapsamına alan matematik ilimleri orta, ve kozmosun bittiği yerden ötesini kapsamına alan ilahiyat bilimleri ise yüksek kabul edilmektedir (sh.32). Dolayısıyla, Herat yüksek ilimlerle uğraşırken Semerkant'ta orta ilimler gelişmiştir. Bu nedenle iki okul etrafında iki farklı alana odaklanma söz konusudur. Burada iki noktaya dikkat çekmekte yarar var. Birincisi, ayaltı dünya ayüstü dünyanın etkisi altında olduğu için ayaltı dünyayı anlamak için ayüstü dünyanın anlaşılması zorunludur. Dolayısıyla, ayaltı dünyanın anlaşılması için orta ve üst ilimlerin bilinmesi gerekmektedir. İkinci olarak, üstten ortaya ve ortadan alta veya tam tersi istikamette ilimlerin etkileşiminde de her bir alanın dillerinde bir akışkanlık ve geçirgenlik olmasının zorunluluğudur.