Vahdet-i vücûda yönelik eleştiriler temelde iki noktada toplanır. Bunlardan birincisi ve en çok dikkat çekeni, varlık olmak bakımından varlığın Hak olduğu ilkesine yöneliktir. İkincisi ise ayân-ı sâbitenin (eşyanın hakikatlerinin) ezelî olduğu ilkesidir. İbn Teymiyye, Adüdiddin el-Îcî, Teftâzânî, İmam Rabbânî ve Şeyhülislam Mustafa Sabri Efendi gibi farklı geleneklere mensup düşünürler ortaklaşa bu iki ilkeyi eleştirir.

İlk eleştiriye göre Tanrı'nın Varlık veya Varlık'ın Tanrı olduğu kabulü hem nazarî olarak yanlıştır hem de İslam'ın tevhid inancına aykırıdır. Zira Varlık'ın Hak olduğunu söylemek, mevcutlarla Hakk'ı özdeşleştirmeye yol açacağından tenzih ilkesiyle çelişir. Tanrı'yı mevcutlarla özdeşleştirme eleştirisi çeşitli ifadelerle dile getirilir. İbn Teymiyye ve Îcî varlığın birliği öğretisinin İslam inançlarına aykırı olduğunu kabul edilen hulûl ve ittihaddan (Allah'ın bir mahluka yerleşmesi ve mahlukla bir olması) ibaret olduğunu söyler. Teftâzânî, varlığın birliği öğretisinin kabul edilmesi halinde pisliklerin ve kötülüklerin Allah'a nispet edileceğini söyler. Bu düşünürlere göre vahdet-i vücudun kaynağı İslam dışı fırkalardır. Bilhassa hulûl ve ittihâdı benimseyen zümrelerin görüşleri İbnü'l-Arabî tarafından tevhid kisvesi altında takdim edilmiştir. Teftâzânî, ayrıca Allah'ın isimleri arasında "vucûd" (varlık) isminin bulunmadığını, dinî düşüncenin teknikleri açısından da Allah'a varlık denilemeyeceğini iddia eder. Ona göre bu görüşteki sûfîler, Fârâbî ve İbn Sînâ gibi muhakkik filozofların Allah'ın hakikatinin varlık (vücûd) olduğu görüşünü de çarpıtarak dayanak olarak kullanmaktadır. Kısaca bu düşünürler, vahdet-i vücudun var olanları tanrılaştırmak veya Tanrı'yı mevcutlara indirgemek olduğunu iddia ederek eleştirmiştir.

Her ne kadar aynı ilkeyi eleştirse de İmam Rabbânî'nin değerlendirmeleri adı geçen diğer düşünürlerden farklı yönlere sahiptir. O, sâlikin sülûkün bir aşamasında her şeyin bir olduğunu müşahede ettiğini ama bu birliğin gerçekte değil, sadece müşahedede olduğunu söyler. Ona göre naslarda Tanrı ve âlemin birliği dili değil, başkalığı dili esas alınmıştır. Ayıklığın zirvesinde Hz. Peygamber (sav) bulunduğuna göre sûfînin gördüğü birlik müşahedesi nasların esas aldığı başkalık ilkesine yorumlanmalıdır. Burada birlik ve başkalığın varlık bakımından birlik ve başkalık olduğunu hatırlamakta yarar var. Yani sorun şudur: Tanrı'nın varlığı ile âlemin varlığı başka mıdır yoksa varlık yalnızca Tanrı'ya aittir de âlemin kendisine ait bir varlığı olmayıp Tanrı'ya ait olan varlığa bir nispetten mi ibarettir İmam Rabbânî, Tanrı ve âlemin birbirinden başka varlığa sahip olduğunu savunarak İbnü'l-Arabî'nin tecrübeyi yanlış yorumladığını düşünmektedir. Daha önceleri Endülüslü filozof İbn Tufeyl de Hallâc'ın "Ene'l-Hak" sözünü aynı gerekçeyle eleştirmiştir.

Eflâtun'un ideleri, Yeni Eflatûncuların Bir ve Küllî Akıl görüşü, Mutezilenin madûmun şeyliği (yok'un bir şey olduğu) görüşü, İslam Meşşâîlerinin mahiyet teorisiyle ilişkilendirilen ayân-ı sabite görüşüne yönelik adı geçen düşünürlerin eleştirisi, bu kabulün Allah'ın mutlak iradesiyle çeliştiği ve âlemin ezelî olduğu kabulüne zemin hazırladığı üzerine kurulur. Zira ayân-ı sâbitenin ezelî olduğu kabul edildiğinde Hak tamamıyla hakikatlerin talepleri doğrultusunda varlık vermekte, sudûr teorisiyle ilişkilendirildiğinde ise varlık verme eylemi Hakk'ın varlığının hakikatleri mevcut hale getirecek şekilde zuhur etmesine dönüşmektedir. Ayân-ı sabiteye yönelik eleştirilerdeki hissiyatın benim aklımda kalan en çarpıcı ifadesi, İmam Rabbânî'nin şu sözüdür: "Ayân-ı sâbitenin ezeliliğini Allah'a dayatmayı kaldıramıyorum."