Mustafa Alican'ın İsmailîlerle Fâtımîlerin kimliğine dair tespitlerinde kalmıştık: "İsmailîler, Ehl-i Beyt imamlarının altıncısı olan Cafer-i Sadık'ın vefatından sonra, onun halef olarak tayin ettiği oğlu Musa Kazım'ı değil, diğer oğlu İsmail'i imam tanıyan kimselerdi. Ortaya çıkışından itibaren Şiiliğin aşırı yorumlarını benimseyen ve bâtınî (ezoterik) bir formasyona sahip olan İsmailî hareket, Fâtımîler ile birlikte en etkili olduğu döneme girmişti. Bir çeşit propagandacı kimliğine sahip olan dâîler (davetçiler) vasıtasıyla mezheplerini gizlice halk arasında yaymayı yöntem olarak benimseyen İsmailîler, Fâtımîlerin devlet politikası olan Sünni karşıtı siyasetin icrasında önemli roller üstlendiler. Askeri ve siyasi olarak Abbâsî kontrolündeki Sünnî İslâm coğrafyasına yayılmak için çaba gösteren ve Filistin üzerinden ilerleyerek Suriye bölgesinin önemli bir kısmına hükmeden Fâtımîler, bir yandan Anadolu ve Irak'a doğru genişlemeye devam ederken, diğer yandan da İsmailî dâîler vasıtasıyla bu coğrafyalarda müfrit Şiiliği yaymaya çalışıyorlardı.() Fâtımîler, Mısır'da kurmuş oldukları Dâru'l-Hikme isimli medresede yetiştirdikleri dâîler aracılığıyla Şiî İsmailî düşünceyi Sünnî İslâm coğrafyasında yaymak suretiyle bir anlamda siyasi hükümranlıklarının altyapısını hazırlıyorlardı. Selçuklular tarih sahnesine çıktığında Fâtımî tehdidi öyle bir boyuta ulaşmıştı ki Mısır güdümündeki Büveyhîler eliyle bütünüyle etkisizleştirilen Abbâsîler bu tehdit karşısında çaresiz kalmışlardı. Hiç kuşkusuz Selçukluların erken dönemlerde dış politika perspektiflerini Fâtımîlerle mücadele etmek üzerine inşa etmeleri de büyük ölçüde bu durum ile ilgiliydi.Tuğrul Bey'den itibaren Fâtımîler karşısında yoğun bir mücadele sergileyen Selçuklular, Suriye ve Filistin coğrafyasında Fâtımî etkinliğini önemli ölçüde sona erdirdiler. Nizâmülmülk öncülüğünde kurulan ve kısa sürede ülkenin dört bir yanına yayılan Nizâmiye medreseleri ile mücadelelerine ideolojik bir arka plan da oluşturdular ve Sünni İslâm dünyasındaki Şiî-Fâtımî etkisi, en azından siyasi anlamda bertaraf edildi. Bununla birlikte, ilk dönemlerde Fâtımîlerin hizmetinde olsalar da Mısır'ın siyasi önemini yitirmesinden sonra özellikle Suriye ve İran'da kendine özgü bir yapıya kavuşan ve () kendilerinden Bâtıniler olarak söz edilen İsmailî hareket varlığını sürdürdü. Selçuklular, Hasan Sabbah tarafından Alamut merkezli olarak yapılandırılan ve mücadele yöntemi olarak terör ve suikast eylemlerini benimseyen bu hareket ile siyasi tarihleri boyunca mücadele etmeyi sürdürecek fakat Bâtınîleri bütünüyle yok etmeyi başaramayacaklardı."Selçuklular'ın Bâtınîleri bütünüyle yok edememelerinin nedenlerini şu dört maddede toplayabiliriz:1- Alparslan'ın, Malazgirt zaferini de kazanarak (1071) kendisini batının fethine adaması ile onun desteğiyle Anadolu'ya yönelen Türkmen aşiretlerinin Marmara denizine dayanmaları karşısında, ilk etkisi Tuleytula'nın işgalinde (1085) görülecek olan ve varlığı günümüzde de ilk şiddetiyle devam eden Haçlı cephesinin kurulması,2-Melikşah'ın babası Alparslan gibi Türkmen beylerinin Anadolu'daki cihat