Osmanlı Devleti, 1606-1699 yılları arasında Duraklama Dönemi'ni yaşar. Bu dönemin en önemli özelliği, savaş gelirlerinin azalması ve saray masraflarının artmasıdır. Merkezi otoritede, orduda, sosyal ve ekonomik alanda bozulmalar ortaya çıkar.

Dönemin düşünürü Koçi Bey, Padişah IV. Murat'ın isteğiyle, 1631 yılında Osmanlı Devleti'nin kötüye gidiş nedenlerini içeren gerçekçi bir rapor hazırlar. Tarihe, Koçi Bey Risalesi olarak geçen raporda eleştiri konuları; adam kayırma, rüşvet, liyakat sisteminin çökmesi ve yozlaşmadır. Devlet adamlarının bilgisizlikleri, hataları ve ihtirasları da çöküşte önemli rol oynar.

Osmanlı, bu eksikleri gideremez ve çöküşe sürüklenir. 1683 yılında, İkinci Viyana Bozgunu'yla başlayan çekilme ve toprak kaybı önlenemez.

1699'da imzalanan Karlofça Antlaşması, yenilmiş bir Osmanlı'nın zafer kazanmış Hıristiyanlarla yaptığı ilk anlaşma olması nedeniyle önem taşır.

Osmanlı, "adam kayırma", "rüşvet", "liyakat sisteminin çökmesi" ve "yozlaşma"yı önleyemez.

Ve Osmanlı Devleti, üç büyük felaketle yüzleşir:

Birincisi; 1877-1878 Osmanlı Rus Savaşı'nda Tuna (Balkan) vilayetinin kaybedilmesi,

İkincisi; 1912 Balkan Savaşı'nda Balkan ülkelerinin elden çıkması,

Üçüncüsü; Birinci Dünya Savaşı sonunda Osmanlı Devleti'nin tarih sahnesinden silinişidir.

Rahmi Apak, İkinci Abdülhamit Dönemi'nde, Balkan ve İstiklal Savaşı'nda görev yapan bir subaydır. Yetmişlik Bir Subayın Anıları (1) adlı kitabında, Balkan Savaşı sırasında yaşadığı bir olayı şöyle anlatır:

"İslam dininin önderleri olan ulema sınıfı ki, bunlara hoca denilirdi, medrese denilen ve camilerin bir köşesine eklenmiş olan taş, havasız, bakımsız okullardan yetişirdi. Bunların genel bilgileri hiç yoktu. Din ilmini Arap dili ile öğrenmeye çalışırlardı. 20 yıl medresede Arapça okudukları halde bir kelime Arapça konuşamazlardı. Bunlar askerlik ödevinden kaçmak için medreseye giderlerdi. Softalar askerlik yapmazdı Halk, Bayram fitre paralarını bunlara verirdi. 1907 yılında, İstanbul'dan Selanik'e gidecek olan bir vapurda 300 kadar softa ile tatil nedeniyle memleketlerine giden 150 kadar Harp Okulu öğrencisi vardı Askeri öğrencilerin bazıları ile softalar arasında kavga olur Gemi kaptanı, Dedeağaç'a gelince yardım ister. Olay, telgrafla padişaha bildirilir. Padişahtan emir gelir, asıl suçlu olan softalara dokunulmaz, fakat kavgaya giren girmeyen tüm Harp Okulu öğrencileri vapurdan çıkarılıp, Dedeağaç'ta gözaltına alınırlar Bu softalar, İstiklal Savaşı'nda kötü rol oynadı. Çünkü softalar çok geri ve pozitif bilim düşmanıydı"

Bu dönemde, medrese Harp Okulu'na üstün kılınmıştı. Medresenin, Harp Okulu'ndan, üniversitelerden, akıl ve bilimden üstün tutulduğu bu dönem Osmanlı Devleti'nin sonunu hazırlıyordu. Balkan Savaşı yenilgisi ve utancı da bu yüzden yaşatıldı.

Atatürk, manevi mirasını şöyle açıklar:

"Ben, manevî miras olarak hiçbir ayet, hiçbir dogma, hiçbir donmuş ve kalıplaşmış kural bırakmıyorum. Benim manevî mirasım, bilim ve akıldır Benim, Türk milleti için yapmak istediklerim ve başarmaya çalıştıklarım ortadadır. Benden sonra, beni benimsemek isteyenler, bu temel eksen üzerinde akıl ve bilimin rehberliğini kabul ederlerse, manevî mirasçılarım olurlar."

Tarihin Kıskandığı Lider'in, milletine önemli bir tavsiyesi de vardır: