Mütevelli Heyet, Yönetim ve Denetim Kurullarının ihdası ile vakfın idarî yapısı oluşturulduktan sonra tefsir ve meal yazımını üstlenecek unsurların tesisine geçilmelidir.

Öncelikle tefsir işini koordine edecek bir Tefsir Kurulu oluşturulacaktır. Tefsir Kurulu "Tefsir, Kelam, Fıkıh, Hadis, Arap Dili Grameri (Nahiv ve Sarf) ve Belagati, Mezhepler Tarihi, Tasavvuf, Felsefe, Teorik Fizik, Mühendislik Bilimleri, Sosyal Bilimler ve Siyaset Bilimi" ve diğer gerekli görülen konularda uzman 10-15 kişiden oluşacaktır. Kurul, Tefsir Konferansı ve Bilimsel Danışma Komiteleri üyelerini belirlemek, bunlar arasındaki koordinasyonu sağlamak, Tefsir Konferansınca kabul edilen tefsir metinlerinin, kabul edilmiş metne karşı üyeler tarafından yapılan şerhlerin ve Mütevelli Heyetçe belirlenmiş olan dillere tercümelerinin yapılarak yayınlanmasını sağlamaktan, kısaca, tüm ilmî faaliyetlerin idaresinden sorumlu olacaktır.

Tefsir Konferansı ise üyeleri Mütevelli Heyet, Yönetim Kurulu, Tefsir Kurulu, Paydaşlar ve Bağımsız Kişi ve Kuruluşlar tarafından önerilecek ve Mütevelli Heyetçe akredite edilecek olan, Kur'ân ayetlerinin tefsir metinlerinin oluşturulmasında görev alacak, tartışmalara ve nihaî metnin yazılması çalışmalarına katılacak ve nihaî metni oylayacak, 40-60 kişilik Uygulama ve Karar Alma Organı olarak çalışacaktır. Konferans, doğrudan Tefsir Kuruluna bağlı olarak çalışacak olup üyelerinin olabildiğince Müslüman Coğrafyasını ve en yaygın mezhepleri temsil etmesine dikkat edilecektir.

Konferans üyeleri, herhangi bir ayet metnini tartışabilecekleri, görüşlerini sunabilecekleri kapalı ve çevrimiçi bir iletişim ağı ile sürekli görüşme hâlinde olacaklar, belirli sürelerde yapılacak çalışmalar sonunda (nitelikli veya normal) oy çokluğu esasına göre yapılacak oylama ile tefsir metnine karar verecektir.

Kurulca üzerinde mutabık kalınan metinler metin editörleri tarafından kontrol edilecek, daha sonra meal metinlerinin tercümeleri Tercüme Ofisi tarafından yapılacak ve internet sitesi vasıtasıyla kamuoyuna sunulacaktır. Editörlerin ve Tercüme Ofisinin nasıl çalışacağı Yönetim Kurulu ve Tefsir Kurulu tarafından belirlenecektir.

Burada, Tefsir Kurulu'na bağlı olarak çalışacak olan; Tefsir Konferansı, Bilimsel Danışma Komiteleri, Editörler ile Tercüme Ofisi arasındaki ilişkileri yürüten, yazışma, davet, iş akışı kontrollerini ve diğer işlemleri yürütecek bir sekretaryanın kurulması gerekir. Sekretarya, yayınlanan tefsir metinleri ve mealleri ile ilgili gelen görüşleri, itirazları ve katkıları Tefsir Kuruluna iletmek, Kurulca ihtiyaç duyulan dış yazışmaları gerçekleştirmekten de sorumlu olacaktır. Gelen itirazlar, teklifler ve katkılar Konferans tarafından değerlendirilerek karara bağlanacak, gerekli olduğunda metin güncellenecektir.

Tefsir Konferansına yardımcı olmak üzere kurulacak, özellikle bilimsel konularda Konferansa danışmanlık yapacak Bilimsel Danışma Komitesi veya Komiteleri de oluşturulacaktır. Alanlarında uzman bilim adamlarından oluşacak olan bu komiteler, temelde Tefsir Kurulunun sorularını cevaplamakla yükümlü olacaktır. Ayrıca, üzerinde mutabık kalınan tefsir ve meal metinlerinden gerekli görülenler bu komiteyekomitelere gönderilerek görüşleri alınacaktır. Komitelerin yapısı, kaç adet olacağı ve üyeleri Yönetim Kurulu ve Tefsir Kurulunca belirlenecektir.