1920'lerin ortalarında öğrenci sayısı 120 ila 195 arasında değişiyor, adı "Amerikan Koleji" olmasına rağmen öğrenci ve öğretmenlerinin çoğunluğu Türk ve Müslüman öğrencilerden oluşuyordu.

1924 yılında yürürlüğe giden Tevhid-i Tedrisat Kanunu sonrasında yabancı okullarda güya dinî eğitim ve propaganda sınırlandırılmış, İncil dersleri yasaklanmıştı. Buna rağmen yeterince denetlenmiyordu.

Bursa Amerikan Kız Koleji yatılı ve gündüzlü olarak faaliyetini sürdürmekteydi.

1927 sonbaharına gelindiğinde okulda bazı öğrenciler arasında Hıristiyanlığa ilgi uyandığı görüldü. Anlaşıldığına göre bombanın pimi Dr. Yusuf Sadi'nin kızı Sabiha'nın ruhî sıkıntılar sebebiyle jimnastik öğretmeni Edith Sanderson'a başvurmasıyla çekilmiş oldu. Sanderson ile yapılan sohbetlere kısa süre içinde matbaacı Vasıf Necdet Bey'in kızı Ma'delet ile Albay Talat Bey'in kızı Seniha da katıldı. Sonra onlara emekli asker Rıza Bey'in kızları Kâmuran ve Nemika dâhil oldu. Biyoloji öğretmeni Lucille Day de sohbetlere zaman zaman iştirak etmekteydi.

Öğrenciler ile öğretmenler arasında İncil okumaları, dinî sohbetler ve özel görüşmeler gerçekleşmekteydi. İddialar şöyleydi:

Öğrencilere İncil kitapları dağıtılmıştı.

Yemeklerden önce İncil'den dualar okunmaktaydı.

Pazar günleri, yılbaşı ve yortularda hediyeler verilmişti.

Sabah erken saatlerde öğretmenlerle birlikte okul çevresindeki tepelere gezintiye çıkıldığı öne sürüldü.

Hıristiyanlığa meyyal öğrencilere okul ücretlerinde indirim yapıldığı, karşı çıkanlara ise düşük not verildiği de iddialar arasındaydı.

Okul, öğrencileri günlük tutmaya yönlendirmekteydi. Olay ortaya çıkınca yastık altlarında bulunan günlükler öğrencilerden bazılarının bu süreci ayrıntılı biçimde kaydettiğini ortaya çıkardı. Özellikle Ma'delet'in günlüğünde Hz. İsa'ya duyulan sempati, İncil okumaları ve Protestanlıkla ilgili duygular açıkça yer alıyordu.

Okuldaki diğer öğrencilerden oluşan ve kendilerini "Uyanık Yavrular" diye adlandıran bir grup, arkadaşlarının davranışlarını takibe aldı (Ferhunde, Şahende, Nebahat, Nihal, Münevver, Nermin ve Leman gibi öğrenci isimleri geçmektedir). 4 Aralık 1927'de Ma'delet'in günlüğü yastık altından gizlice alındı. 24 Aralık 1927'de Hamide adlı öğrenci iki arkadaşıyla birlikte günlüğü ve bazı İngilizce kitapları Bursa Maarif Müdürlüğüne teslim etti. Belgeler tercüme edilerek İstanbul Maarif Eminliğine, ardından Ankara'ya, Maarif Vekaletine yani Milli Eğitim Bakanlığına iletildi.

22 Ocak 1928 tarihli Cumhuriyet gazetesinde "Şayan-ı hayret bir hadise: Bursa Amerikan Mektebi'nde kızlarımız tanassur mu ettiriliyor" başlıklı haber yayımlandığında kamuoyunda şok etkisi yaptı. Ulusal basın günlerce bu olayı tartıştı.

Maarif Vekâleti müfettişleri Bursa'ya geldi (Hasan Ali ve Behçet Bey'in adları geçer). Yaklaşık 11 gün süren soruşturma sonucunda Amerikalı öğretmenlerin dinî propaganda yaptığı, öğrencilerin telkin sonucu Hıristiyanlığa yöneldiği tespit edildi ve yönde raporlar hazırlandı.

Nihayet31 Ocak 1928 tarihinde Bakanlık emriyle okul resmen kapatıldı. Aralarında polislerin de bulunduğu bir heyet okulu boşalttı. Öğrencilerin çoğu Bursa'daki diğer ortaokul ve liselere nakledildi. (Zaten haberler şüyu bulunca velilerin bir kısmı öğrencileri okuldan almıştı.)

Okul müdürü Jeannie L. Jillson, jimnastik öğretmeni Edith Sanderson ve biyoloji öğretmeni Lucille Day hakkında dava açıldı. Duruşmalar halkın yoğun ilgisini çekti. Yargılama sırasında Hıristiyan olmaları ihtimaliyle ilgili öğrencilerin Kur'an-ı Kerim üzerine yemin etmelerine izin verilmemesi ilginç bir nokta (o tarihte mahkemelerde hâlâ Kur'an üzerine yemin edilmekteydi).