Ankara ve Şam ilişkileri uzun bir dönem terörist başı Abdullah Öcalan'ın Beka Vadisi'ndeki ikameti ve Suriye'deki PKK kamplarının Türkiye'ye güvenlik tehdidi oluşturması nedeniyle gerginliklerle geçti. PKK sorunu, iki ülke ilişkilerinde 1990'lı yılların sonuna kadar belirleyici rol oynadı.

Merhum Süleyman Demirel'in Başbakanlığındaki DYP-SHP koalisyon hükümeti, Suriye topraklarından kaynaklı artan PKK terör eylemlerine karşı, 17 Nisan 1992 tarihli Türkiye-Suriye Güvenlik Protokolü'nün imzalanmasını sağladı. Protokol gereğince Türkiye, Suriye ve Lübnan üç ayda bir güvenlik toplantıları yaparken, bu toplantılara ilerleyen tarihlerde PKK'nın yuvalandığı İran ve Irak diplomatları da katıldılar.

Suriye'ye yapılan baskılar sonuç vermiş, Şam yönetimi bazı kaynaklarda 9 Ekim 1998 ve bazılarında da 17 Ekim 1998'de Öcalan'ı sınır dışı etmişti. Yine Cumhurbaşkanı Demirel'in liderliğinde 20 Ekim 1998'de imzalanan Adana Mutabakatı dönüm noktasıdır.

Bununla birlikte son yıllarda Türkiye'nin Suriye'nin kuzeyinde gerçekleştirdiği Bahar Kalkanı Harekatı, Barış Pınarı Harekatı ve PKK unsurlarına yönelik sınır ötesi vd. operasyonların meşru dayanağı Adana Mutabakatı'dır. Bu durum AKP Sözcüsü Ömer Çelik'in Suriye sınırının ötesindeki "varlığımız meşru müdafaa hakkımıza ve BM'nin 52. Maddesi ve Adana Mutabakatı çerçevesine dayanmaktadır" ifadeleriyle birçok defa teyit edilmiştir. Dolayısıyla Adana Mutabakatı'nın mimarı merhum Demirel'i rahmetle hatırlamak yerinde olacaktır.

Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer'in 2000'de vefat eden Suriye Devlet Başkanı Hafız Esad'ın cenaze törenine katılmak üzere Şam'a gitmesi, ardından Suriye Devlet Başkan Yardımcısı Abdülhalim Haddam'ın iade-i ziyarette bulunarak Sezer'e ilişkilerin geliştirilmesinin gerektiğini bildirmesi ve karşılıklı diplomatik geziler Türkiye-Suriye ilişkilerinin ilerletilmesine katkıda bulundu.

Beşşar Esad'ın 2004'te Türkiye'ye gelmesi, karşılıklı resmî ziyaretleri zirveye taşıdı. Hatta Esad'ın ailesiyle birlikte 5 Ağustos 2008'de Bodrum'da Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ve ailesiyle yaptıkları tatil basında geniş yer bulmuştu. Sonra 2011'de Kuzey Afrika ve Ortadoğu ülkelerinde başlayan Arap BaharıUyanışı halk hareketleri Tunus, Libya ve Mısır gibi ülkelerde 30-40 yıllık yöneticilerin iktidardan uzaklaştırılmasıyla neticelendi.

Aynı şekilde Arap Baharı'nın Suriye'ye yansıması da muhalif kesimlerin rejime karşı ayaklanmasıydı. Sert biçimde ayaklanmaları bastırmaya çalışan rejim, bunda başarılı olamayarak 13 yıldır devam eden iç savaşın başlangıcıyla yüzleşmiştir. Rejimin hakimiyetinin olmadığı Suriye topraklarında Rusya, ABD, Fransa vd. uluslararası aktörlerin askerî unsurları da konuşlandılar.