Bediüzzaman, 9 Ağustos 1944 tarihinde ise Bakanlar Kurulu kararı ile Emirdağ'da mecburi ikamete tabi tutulur.

Bediüzzaman, Emirdağ'da kaldığı süre içinde birkaç kaymakam görev alır. Bu kaymakamlardan Şükrü Zeki Uğurtan'ın tayininin çıkması üzerine dört aylığına bir kaymakam vekili görev alır. Gelen yeni kaymakam vekili aldığı talimatlar üzerine Bediüzzaman'a eziyet etmeye başlar. Devletin bütün imkânlarını kullanarak ilçede büyük korku salarak kimsenin Bediüzzaman'a selam vermesine bile izin vermez. Ardından kaymakam olarak Abdülkadir Uras atanır. Uras da zulüm ve baskıda geçmiş kaymakamları geride bırakacak icraatlar da bulunur.

Abdulkadir Uraz, Emirdağ'a geldikten sonra diğer kaymakamlar gibi Bediüzzaman'la ilgili tertiplere girişir. Bir yandan da Emirdağlılarla iyi ilişkileri içinde olur. Bediüzzaman'ın talebesi ve hükümet tabibi Dr. Tahir Barçın aynı zamanda kaymakamın komşusudur. Kaymakamın maddi durumu iyi olmadığından ona yardımda bulunmaktadır. Devlet memurlarının maaşı o dönem çok az olduğundan kaymakamın bir ayakkabı alacak parası dahi yoktur. Dr. Tahir Barçın ve birkaç kişi bu durumu bildiklerinden ona yardımda bulunurlar. Kimsenin haberi olmadan kaymakam Bediüzzaman'a baskılarına devam eder. Bediüzzaman bazen namaz için camiye gittiğinde talebeleri üşümesin diye caminin son cemaatin olduğu mahfilde küçük bir yer yaptırır ve bir de oraya bir mangal koyarlar. Bediüzzaman'ın her hareketini takip eden kaymakam bir gün gizlice camiye girer ve Bediüzzaman gizli kapaklı bir şey yapıyormuş gibi ona hizmet edenleri çağırarak "Artık hiçbiriniz yanına gitmeyeceksiniz!" diye onları tehdit eder. Bundan böyle yanına sadece bekçileri gidecekti. Bekçilere de "Ne isterse siz götürün!" diye emir verir.

Tüm bu olaylar olurken Dr. Tahir Barçın'ın olan bitenden haberi olmadığı gibi maddi yardımlarına devam etmektedir. Ta ki Mehmet Çalışkan olan biteni doktora haber verinceye kadar bu yardımlar sürer. Mehmet Çalışkan doktora "Bu adam, Bediüzzaman'ın yanına talebeleri yaklaştırmıyor ve Bediüzzaman'a sürekli rahatsız ediyor" der. Bu durumu görüştükten sonra savcıya haber vermeyi kararlaştırırlar. Gerçi savcı içki içen biridir ama vicdanlı biridir. O da Bediüzzaman'ın evinin karşısındaki evde oturmaktadır. Savcı Bediüzzaman'a karşı çok saygılıydı. Talebeler durumu savcıya anlatılınca savcı, "Yahu bu zattan ne zarar gelecek sabahlara kadar ibadet edip dua ediyor. Burada ikamete memur edilmiş. Yoksa kimseyle konuşmayacak gibi bir karar yok. Hürriyetini tahdit etmek olur mu" der. Sonra savcı bekçileri çağırır ve onlara kızarak "Bundan böyle kapısına yaklaşırsanız sizi hapsederim" diye onları tehdit eder. Bunun üzerine bekçiler de savcının söylediklerini kaymakama iletirler.