Bediüzzaman'ın Darü'l Hikmetü'l-İslamiye'de iken dostu olan Seyyid Sadeddin Paşa'nın ifadesiyle "Kökü ecnebide ve kendisi burada bulunan bir zındıka komitesi" bazı planlar yapar.

Bu planlardan biri de zındıkayı (dinsizliği) Anadolu'ya yerleştirmek istemeleridir. Bu maksatlarının önünde en büyük engel olarak Bediüzzaman'ı görürler. Bediüzzaman'ın vücudunu ortadan kaldırmak için her türlü şeytani desiseye başvurmuşlardır. Hatta bu konuda resmî hükümetin nüfuzunu da kullanmışlardır. Bu komite ilk günden itibaren Bediüzzaman'ın neler yapabileceğini keşfetmiş, onu ortadan kaldırmak için çeşitli yollar denemişlerdir.

Refet Barutçu, Bediüzzaman'ın vefatından yaklaşık iki buçuk ay önce onu Emirdağ'da ziyaret eder. Bu ziyaret esnasında Bediüzzaman, "Ben çok hastayım. Bana 21 defa zehir verdiler" demiştir. Üstada değişik tarihlerde değişik vesilelerle bu zınkıka komitesi tarafından zehir verilmiştir. Bu zehirlenmenin ilki Ankara'da aşı kampanyası adı altında mecliste olurken son zehirlenme ise 1956 yılında olmuştur. Bediüzzaman bir hatırasında "Kardeşim Osman, o zehri yemem lâzımdı. Çünkü ben Hasan ve Hüseyin'in neslinden geliyorum. Beni onlar gibi şehit etmek istiyorlar, fakat muvaffak olamıyorlar." demiştir. Tarihî kaynaklar Hz. Hasan'ın (ra) 46 yaşında hanımı Ca'de binti Eş'as tarafından zehirlenerek şehit edildiğini rivayet etmektedir. Hz. Hasan'ın (ra) saltanatı sadece altı ay sürmüştür. Hazret-i Hasan, (ra) manevî saltanatı maddî saltanata, yani saltanata dönüşen halifeliğe tercih etmiştir. Risale-i Nur'un temel gayesi de âhir zamandaki Müslümanların kalplerindeki imanlarını takviye ederek manevî kurtuluşa ermelerine vesile olmaktır.

Bediüzzaman, Risale-i Nur'un Hz. Hasan'ın (ra) altı aylık saltanatını uzun bir zamana çevirmesinden ötürü ona "5. Halife" nazarıyla bakılabileceğini şu sözlerle ifade etmektedir: "Ezcümle, Hazret-i Hasan Radıyallahu Anhın altı aylık hilâfetiyle beraber Risale-i Nur'un Cevşenü'l-Kebîrden ve Celcelûtiyeden aldığı bir kuvvet ve feyizle vazife-i hilâfetin en ehemmiyetlisi olan neşr-i hakaik-i imaniye noktasında Hazret-i Hasan Radıyallahu Anhın kısacık müddetini uzun bir zamana çevirerek tam beşinci halife nazarıyla bakabiliriz. Çünkü, adalet-i hakikiye ile bu asırda insanları mes'ud edebilir bir istidatta bulunan, Risale-i Nur'dur ve onun şahs-ı mânevîsi, Hazret-i Hasan Radıyallahu Anhın bir muavini, bir mütemmimi, bir manevi veledi hükmündedir diye senin mektubunu tâdil ettim." (Emirdağ lahikası -1, 40. Mektup).