1943 yılında Bediüzzaman ve Nur Talebeleri, Denizli hapsine getirilir. Ardından hafız, hoca, ehl-i Kur'ân, büyük İslâm âlimi Gönenli Mehmet (Mehmet Öğütçü) de cezaevine getirilir. Hapishanede, Bediüzzaman'ın yanına gider. Bediüzzaman:
"Hoş geldin Muhammed Efendi, hoş geldin. Sen burada lâzımdın. Korkma! Korkma!" der.
Gönenli Mehmet: "Korkum yok efendim" diye cevap verir.
Cezaevi yönetimi, Gönenli Mehmet'e "Hangi koğuşu istiyorsun" diye sorar. Gönenli Mehmet:
"İdamlıklar neredeyse, beni oraya verin" der. Katillerin olduğu koğuşa gider ve aralarında yaşamaya başlar. Nur Talebeleriyle birlikte tarihe geçecek bir hapishane hayatı yaşar.
Mahpuslardan biri Gönenli Mehmet'e:
"Seni Denizli Cezaevi'ne niye getirdiler" diye sorar.
Gönenli: "Hadise sırasında bir beldede benim ismimi de bulmuşlar. Bunun üzerine bizi de alıp hapsettiler." der.
Dokuz aydan biraz fazla süren mahpusluğun ardından mahkeme, beraat kararı verir ve tüm mahpuslar cezaevinden çıkar. Bediüzzaman, yeni sürgün yerini bir otel odasında bekler. Sonunda, Emirdağ'a gönderilir.
Yıllar sonra Gönenli Mehmet, Bediüzzaman'ın İstanbul'a geldiğini duyar ve onu Fatih Camii'ne davet eder. Bediüzzaman: "Başkalarına haber vermez ve beni halka göstermezse gelirim." der.
Gönenli, hemen Hünkâr Mahfili'ni hazırlar. Bediüzzaman camiye gelir ve Hünkâr Mahfili'nde onun imamlığında namaz kılınır.
Sonraki yıllarda Gönenli Mehmet şöyle der:
"Ya Rabbi! Bu zatın bende hiç kısmeti yok mu" diye düşünürdüm. Evime davet ediyordum, gelmiyordu. Devamlı olarak: 'Söyleyin Hafız Mehmet'e, sakın sakın yanıma gelmesin.' diye hocalarla haber gönderiyordu."
Bir Kurban Bayramı sabahı, namazdan sonra Gönenli'nin kapısı çalınır.
"Muhammed kardaşım! Muhammed kardaşım!" diye bir ses duyar. Kapıyı açar, Bediüzzaman boynuna sarılır:
"Sen Kur'ân'a çok hizmet ediyorsun. Benim yanıma gelenleri çok taciz ediyorlar. Seni taciz etmemeleri için, 'Benim yanıma gelmesin.' diye haber gönderdim. İstanbul'da hiçbir kimsenin evine gitmemeye karar vermiştim" der.
Yanındaki talebeye işaret ederek:
"Ver kabımı, kısmetimi versin." der.
Bediüzzaman: "Bu zatın kısmeti yok mu Kısmetimi almaya gelmişim" diye ekler.