Horasan'dan gelip Zile'ye yerleşen İlme değer veren bir ailenin çocuğu olarak 910 (Miladi: 1504) yılında Zile'nin Silis Köyünde doğan Muharrem Efendi, Ebü'l-Berekat Muhammed Efendi'nin Muharrem, Şemseddin, İbrâhim ve İsmail adlı dört oğlundan biridir. Kaynaklarda tam adı Muharrem b. Ebü'l-Berekât Muhammed b. Ârif b. Hasan ez-Zîlî olarak geçmektedir.

Prof. Dr. İlhan Genç'in 9-12 Ekim 2008'deki Tarihi Ve Kültürüyle Zile Sempozyumu'nda sunduğu "Zileli Muharrem Efendi Ailesinin Kadızadelerle Mücadelesi" konulu bildirisinde belirttiği gibi; "Osmanlıların en bunalımlı yüzyılı sayılan 17. yüzyılın ilk yarısında fanatik ve mutaassıp dinî görüşleriyle siyaseti ve toplumu kaosa sokan bir Kadızade hareketi söz konusu olmuştur. Bu harekete karşı çıkarak onlarla mücadele eden bir başka hareketin de varlığı söz konusu idi. Bu hareketin öncü isimleri hep bir aileden doğmuştur. Bu aile Zile'de doğmuş ve yetişmiştir.

Ailenin ilk önemli simaları baba Ebu'l-Berekât ile oğulları Muharrem Efendi ve Şeyh Şemseddin-Es-Sivasî'dir. Genellikle Şemseddin Efendi'nin Sivas'ta görev yapması ve bulunmasından dolayı aile Sivasî olarak anılmışsa da esasen Zile'nin kültür ve irfanını temsil ettikleri tarihî bir gerçektir."

Bu ailenin önemli fertlerinden Muharrem Efendi, babasının isteği üzerine kardeşleri Şemseddin ve İbrâhim'le birlikte ilim ve irfanını artırmak için Tokat'ta Arakiyecizâde Şemseddin Mahvî Efendi'den uzun süre öğrenim görmüş, Tokat'taki eğitiminden sonra kardeşi Şemseddin ile beraber İstanbul'a giderek bilgi, görgü ve ilmini ilerletip Zile'ye dönmüştür.

Bu arada Ezinepazarı şeyhi Muslihuddin Efendi'den tasavvuf dersleri almış, Amasyalı Hacı Hızır'ın halifelerinden Abdülmecid Şirvânî'nin yanında da bir süre kalan Muharrem Efendi, Abdülmecid Şirvânî'nin halifesi olmuştur.

Öğrenim amacıyla yaptığı yolculuklar dışında Zile'den hiç ayrılmayan, hayatını ders okutup eser yazmakla geçiren, eserlerinde halka hitap eden bir dil kullanan ve halkın içinde kalıp onları irşad eden Zile'nin yetiştirdiği önemli bir alimdir.

Muharrem Efendi, fıkıh ile tasavvufu birleştirmeye, ibadetlerin şeklî yönü yanında mânevî boyutlarına dikkat çekmeye özen göstermiş ve özellikle kadınların eğitimine önem vermiştir. Yöre halkınca "Muallim Dede" olarak anılan ve keramet sahibi bir zat kabul edilen Muharrem Efendi 100 yaşlarında vefat etmiş, kabri bugün (eski) Zile Devlet Hastanesi'nin bahçesinde bulunmaktadır.

Muharrem Efendi'nin dört oğlu ve bir kızı olmuştur. Oğullarından en meşhuru Şeyhî lakabı ile bilinen ve Halvetiyye tarikatının dördüncü ana kolu Şemsiyye'nin bir şubesini oluşturan Sivâsiyye'nin kurucusu Abdülmecid Sivâsî'dir. Kızı Safâ Hatun ise Kadızâdeliler'le yaptığı mücadeleyle tanınan Abdülahad Nûri'nin annesidir.

Muharrem Efendi, Halvetiyye'nin Şemsiyye kolunun kurucusu Ebü's-Senâ Şemseddin Sivâsî ile Sivas'ta bir müddet müftülük yapan Halvetî şeyhi İsmâil Sivâsî'nin de ağabeyidir.

Muharrem Efendi, ilim ve irfan sahibi bir zât olup irşad görevleri yanında Arapça ve Türkçe kaleme aldığı halkı irşada yönelik çok değerli eserleriyle de tanınmış bir şahsiyettir. Eserlerini kısaca tanıtmak onun vâkıf olduğu sahaları da gösterecektir: Bunlar:

Ḥâşiye: En meşhur eseri olup Molla Abdurrahman Câmî'nin Fevaid-Ziyaiyye adlı

nahiv (gramer) eserin tamamlayıcı bilgiler içeren notlarla geliştirilmiş biçimidir, Pedagojik yönden anlaşılması kolay olduğundan medreselerde çok okunmuştur. Ayrıca baskısı yapılmış eser Osmanlı medreselerinde "Muharrem" adıyla bilinmektedir.

2. Hediyyetü'ṣ-ṣuʿlûk fî şerḥi Tuḥfeti'l-mülûk: Tasavvufî bir eser olup yöneticilere armağan anlamına gelen bir eserin Zeynüddin er-Razi'nin "Tutıfetü'l-müluk" adlı muhtasar metnin şerhi niteliğindedir.

İslâm hukukunun amelî-tatbikî bölümünü ve miras hukukunda alt soy hısımları ifade eden İslâm ibadet ve hukuk ilmi. Dünya ve âhirette ceza veya mükâfat konusu olan her türlü iş ve davranışı ifade eden Fürü-i fıkıh sahasıyla ilgili olan eser, Hanefi mezhebi ictihadlarına dayanmakta, fakat diğer mezhep görüşlerini de nakletmektedir. Kitap, on bölümden oluşmakta olup ağırlıklı olarak ibadet konularını işlemektedir. Aynı zamanda hükümleri illlet ve delilleri ile beraber zikretmektedir.

3.Umdetü'n-nisâ: Kadınlara mahsus hallere dair fıkhî meseleleri içeren eserin ilk kadın ilmihali olduğu tahmin edilmekte olup Osmanlı Türkçesi ile yazılmıştır.

4. Cübbü'l-mesâil: Yazma eser kataloglarında Hubbü'l-mesâil ve Rubbü'l-mesâil şeklinde de geçen eserde bazı fıkhî konular ele alınmıştır. Ana temasını kefâretlerin teşkil ettiği, oldukça sade bir Türkçe'nin kullanıldığı eser bazı dil özellikleri bakımından dikkat çekmektedir.

5. Menâḳıbü Ebî Ḥanîfe ve eʾimmeti'l-meẕâhib: Ebû Hanîfe ile meşhur iki talebesi Ebû Yûsuf ve Muhammed'in hayatını konu alan eserde bunların fazileti, takvâsı, ahlâkı, zekâsı ve ilmî kişiliği gibi konulara değinilmektedir