Said Nursî'nin 1922-1923 yıllarında Ankara'ya davet edildikten sonra kendisine sunulan milletvekilliği, Şark Umum Vaizliği ve Diyanet'teki önemli görevleri reddetmesi, hem şahsî hem de fikrî dünyasında yaşadığı büyük bir kırılmanın sonucudur. Bunları şöylece özetleyebiliriz;

Fikrî ayrışma düşüncesiyle Said Nursî, yeni kurulan devletin yönünü tamamen Batılılaşma ve sekülerleşmeye çevirdiğini hissetmiştir. Kendisine sunulan makamları, bu yeni sistemin içerisinde bir "siyasî figür" haline gelmek olarak görmüş ve bunu asıl gayesi olan iman hizmetine aykırı bulmuştur.

"Eski Said"den "Yeni Said"e geçiş: Yani bu dönem, onun kendi ifadesiyle "Eski Said" (siyaset yoluyla toplumu düzeltme çabası) döneminden "Yeni Said" (sadece iman ve Kur'an hakikatlerine odaklanma) dönemine geçişinin zirvesidir. Dünyevî makamların, bu manevî dönüşüme engel olacağını düşünmüştür.

Bir de bağımsızlık arzusu düşüncesi ile bir devlet memuru veya siyasetçi olarak hareket etmenin, söyleyeceği hakikatleri kısıtlayacağını öngörmüş olabilir. Meclisteki beyanname olayı sonrası, yapılan teklifleri (milletvekilliği, Şark Umum Vaizliği ve Diyanet'teki önemli görevleri vb.) reddederek Van'a çekilmesi, bir nevi "inziva" ve "hazırlık" dönemidir. Erek Dağı'ndaki mağarada yapmayı planladıkları şunlardı.

Zihnî ve ruhî arınma: Said Nursî, toplumun içine düştüğü manevî buhranın siyasetle değil, kalplerin ve zihinlerin tamiriyle (imanın kuvvetlenmesi) düzeleceğine karar vermiştir. Mağara dönemi, bu tamirin teorik altyapısını kurma sürecidir.

Medresetüzzehra ideali: En büyük hayali olan, din ilimleri ile fen ilimlerinin birlikte okutulacağı Medresetüzzehra üniversitesini kurma çalışmalarına mahallî seviyede devam etmek istemiştir.