Fahreddin er-Râzî'nin soyundan gelen Cemâleddin Aksarâyî'nin torunu Ahmed Çelebi'nin oğludur. Cemâleddin Aksarâyî'nin neslinden geldiği için çağdaşı diğer devlet ve ilim adamı akrabaları gibi Cemâlî nisbesi ile anılır. Fetva almak üzere kendisine başvuranların işlerini kısa sürede sonuçlandırmak için evinin penceresinden sarkıttığı zembille soruları alıp cevapları yine zenbile koyup vermesinden dolayı halk arasında "Zenbilli müftü, Zenbilli Ali Efendi" olarak tanınmıştır. Doğum tarihine ve yerine dair kesin bilgi yoktur. Cavit Baysun, 932'de ileri bir yaşta vefatını ve tahsili ile hizmet sürelerini göz önüne alarak Fâtih Sultan Mehmed'in ilk saltanat yıllarında (1444-1446) doğmuş olduğunu söyler. Hüseyin Hüsâmeddin'e göre Amasya'da Eslem Hatun (İslâm) mahallesinde dünyaya gelmiştir. (Amasya Tarihi). Ancak onun birçok kişiyi Amasyalı gösterme gayreti göz önüne alınarak buna şüpheyle bakılmalıdır. Bazı kaynaklarda ise Karamanlı diye zikredilir. Cemâlî ailesinin Aksaray'da ikamet ettiği ve daha sonra bu aileden bazı kişilerin İstanbul'a göçtüğü bilinmektedir; bu sebeple onun Aksaray'da doğduğu ileri sürülmektedir. Zenbilli Ali Cemâlî Efendi ilk eğitimini, Pîrî Mehmed Paşa'nın annesi tarafından dedesi olan Lârendeli Mevlânâ Hamza'dan aldı. Ardından İstanbul'a gidip Molla Hüsrev'in derslerine devam etti. Molla Hüsrev müftülüğe tayin edilince Bursa'ya giderek burada Sultâniye müderrisi olan Mevlânâ Hüsâmzâde Mustafa Efendi'den ders okumaya başladı. Öğrenimini tamamlayınca Hüsâmzâde onu kendisine muîd edindi ve kızı ile evlendirdi. Fâtih Sultan Mehmed zamanında Edirne'de, Mecdî'ye göre Ali Bey Medresesi, Hoca Sâdeddin'e göre Taşlık Medresesi müderrisliğine getirildi. Ayrıca padişah tarafından kendisine 5000 akçe ile birlikte elbiseler gönderildi. Karamânî Mehmed Paşa vezîriâzam olunca siyasî rakibi Sinan Paşa ile Zenbilli Ali Efendi arasındaki yakın münasebetten dolayı onu önce Edirne'de Beylerbeyi Medresesi'ne, ardından Sirâciye Medresesi'ne sürdü ve ücretini düşürdü. Bunun üzerine görevinden istifa eden Ali Cemâlî, Halvetiyye şeyhi Mes'ûd-i Edirnevî'nin hizmetine girdi ve onun desteğini almaya çalıştı. Daha sonra İstanbul'a taşındı. Burada, Sinan Paşa'nın yanı sıra dönemin birçok aydınının bağlandığı Konyalı Şeyh İbnü'l-Vefâ Muslihuddin Mustafa'nın tekkesine devam edip onunla sık sık görüştü. Fâtih Sultan Mehmed'in vefatı ve Sadrazam Karamânî Mehmed Paşa'nın yeniçeriler tarafından katlinin ardından tahta çıkan II. Bayezid döneminde yeniden müderrisliğe geçti. Mecdî'ye göre II. Bayezid bir gece rüyasında Aliyi Cemâlî'yi görmüş, onunla görüşüp konuşmak istemiş, Ali Cemâlî Efendi, "Selâtîn ile mülâkat ebgaz-ı mubâhâttır" diyerek bunu kabul etmemiş, ancak padişah yine de ona Bursa'da Hudâvendigâr (Kaplıca) Medresesi müderrisliğini vermiştir Hoca Sâdeddin ve Atâî ise Amasya müftülüğüne gönderildiğini yazarlar. Bu ikinci bilginin daha doğru olduğu söylenebilir. Muhtemelen II. Bayezid onu, saltanata gelmesinde etkili rol oynayan Cemâlî ailesinden Çelebi Halîfe'nin (Cemâl-i Halvetî) oturduğu Amasya'ya özellikle yollayıp şeyhine bağlılığını göstermek istemiştir. Ali Cemâlî Efendi, Amasya müftülüğünden sonra Bursa'da Hudâvendigâr Medresesi'ne, ardından Bursa Sultâniyesi'ne (Yeşil Cami Medresesi) tayin edildi. Mecdî, Bursa'da müderrisliği sırasında (kendisi istemediği halde) şehrin müftülüğünün de ona verildiğini yazar. 1486'da Amasya Beyazıt Medresesi'nin inşası tamamlanınca müderrislik göreviyle yeniden oraya gitti ve Amasya müftülüğünü de üstlendi. Bu sırada Amasya'da idareci olarak bulunan Şehzade Ahmed'in, 896'da oğulları Murad ile Alâeddin'in sünnet düğününde hocası Birgivîzâde Mustafa Efendi'yi oradaki ulemânın önüne geçmesi üzerine Cemâlî Efendi görevini bıraktı ve İstanbul'a döndü. Ancak bunda, Acem asıllı ulemâya yakınlık duyduğu söylenen Şehzade Ahmed'e karşı Amasya'daki Sünnî mutasavvıf ve âlimlerin gösterdikleri tavrın da etkisinin bulunduğu göz önüne alınmalıdır. Mecdî, II. Bayezid'in, Amasya'daki medresesini izinsiz terk edip gelmesinden dolayı öfkelenip onu azlettiğini yazar. Belki de bu sebeple altı ay kadar bekleyen Ali Cemâlî Efendi, II. Bayezid'in onun için İstanbul'da açtırdığı Sultan (Beyazıt) Medresesi'nin müderrisliğine tayin edildi. İlmî seviyesine uygun olmayan bu medresenin kendisine verilmesini kabulde tereddüt gösterince Semâniye medreselerinden birine nakledildi. Bu görevde iken amcazadesi Çelebi Halîfe ile birlikte hacca gitti. Ancak Mekke'de bazı karışıklıkların çıkması üzerine bir yıl Mısır'da beklemek zorunda kaldı ve hac vazifesini ertesi yıl yerine getirebildi. Kendisi Mısır'da iken İstanbul müftüsü Efdalzâde Hamîdüddin Efendi vefat etmiş , müftülük ona verilmiş, dönünceye kadar fetva yetkisi Sahn-ı Semân müderrislerin bırakılmıştı. Muhtemelen (1504) yılının ortalarına doğru İstanbul'a gelen Ali Cemâlî Efendi fetva makamına oturdu; II. Bayezid buna ilâveten 911'de (1505-1506) İstanbul'da yaptırdığı, bugün Türk Vakıf Hat Sanatları Müzesi olan medresenin müderrisliğini haftada bir gün ders okutmak üzere 50 akçe ile kendisine verdi, ayrıca Osmanlı ülkesinin değişik yerlerindeki hayratının vakıflarına 912'de nâzır tayin etti. Bundan sonra, İstanbul'daki Beyazıt Medresesi müderrisliği ile II. Bayezid'e ait evkafın nezâret cihetinin şeyhülislâmlığa dönüşecek olan İstanbul müftülerine verilmesi âdet haline geldi. II. Bayezid'in ardından tahta çıkan Yavuz Sultan Selim de Zenbilli Ali Efendi'yi saltanatı süresince müftülük görevinde bıraktı. Kanûnî Sultan Süleyman döneminde ölümüne kadar bu görevde kaldı. Kanûnî zamanında Rodos adasının fethinde bulundu ve camiye çevrilen Saint Jean Katedrali'nde ilk cuma namazını kıldırdı. 929'da iş göremeyecek kadar hasta olunca Kanûnî Sultan Süleyman nâib tayin etmesini istedi; o da Şeyh Bahâeddinzâde Muhyiddin Mehmed'i nâib tayin etti. Bu durum ölümüne kadar devam etti, böylece müftülük süresi yirmi dört yıla ulaştı. Vefat tarihinin Şâban 932'den (Mayıs-Haziran 1526) biraz öncesine denk düştüğü tahmin edilir. Mezarı Zeyrek'te yaptırdığı mescid ve mektebin hazîresindedir. Kaynaklara göre Zenbilli Ali Cemâlî Efendi fıkıh, usul, edebiyat, lugat, nahiv, tefsir ve hadis sahasında otorite sahibi vakur bir ilim adamı idi. Uzun süre fetva makamında kaldığı halde hayatının sonuna kadar tevazuu elden bırakmamıştı. Risâle-i Hırzü'l-mülûk'teki ifadeye göre kendisi insanların işlerini kolaylaştırmaktan zevk alır, fetva almak üzere başvuranların işlerini kısa sürede sonuçlandırılır. Zenbilli Ali Efendi'nin tasavvufî yönü de vardı. Bundan dolayı bazı eserlerde "Sûfî" nisbesiyle kaydedilmiş ve "erbâb-ı hâl, sâhib-i kerâmet"