Akkoyunlu aşîreti soyundan Mehmed Ali Ağa'nın oğludur. Annesi, Mekke-i Mükerreme'den yıllarca önce göç etmiş olan Benî Hattab aşîreti şeyhlerinden, Çorum'un Kartaldağ yaylasındaki türbesinde medfûn, "Arap Dede" diye tanınmış şeyhin torunu Nazlı Hanım'dır. 1292 de İskilip'in Tophâne köyünde doğmuştur.

Medrese tahsîlini bin güçlüğü yenerek en iyi dereceyle bitirmiş ve R. 1318, H. 1320 de, yani 26 yaşında icâzetnâmesini almış, o yıl açılan rüûs imtihânını da kazanarak R. 1321, H. 1323 de henüz 29 yaşında Fâtih Câmii Şerîfinde ders vermeğe başlamış, kendisine İsmetiyye Medresesi beşinci müderrisliği de tevcih edilmiştir. Bundan başka, medrese tahsîlini bitirdiği 1318 de yeni açılan Dârülfünûn İlâhiyyât Fakültesi'ne de sınavlarda ikinciliği kazanarak kaydolunmuş, 1321 de bunu da başarıyla bitirdikten sonra, Fâtih Câmii Şerîfindeki dersiâmlık görevi devâm etmekle birlikte, Kabataş Lisesi arabî muallimliğine de ta'yin olunmuştur.

Bir arkadaşı, Şeyhülislâm tarafından Bodrum'a sürdürülmüş ve orada aç kalmıştı, Âtıf Efendi, arkadaşı için para toplamak isterken jurnal edilmesi üzerine, eski medrese arkadaşlarından Kırımlı İbrâhim Tâli' Efendi'nin pasaportu ile Kırım'a gitmiş, oradan Varşova'ya geçmiş, meşrûtiyyetin ikinci def'a i'lânından bir hafta önce yurda dönmüştür.

Medreselerin esaslı bir yolda ıslâhına girişmiş, müderrislik ve Meşîhat-i İslâmiyye'de çeşitli encümenlerdeki üyelik görevlerinde gösterdiği üstün başarısıyla meslektaşları arasında seçkin bir kişiliği olduğunu ortaya koymuştur.

Ayrıca Medresetülkuzât'ta hikmet-i teşrî'iyye dersini okutmuştur.

Kısa bir zamanda ünü, memleket sınırlarını aşarak bütün İslâm âlemine yayılmış, hattâ Batı'da da tanınmıştır. İstanbul'a gelen bazı müsteşrikler, kendisini ziyâret ederek elini öpmüşlerdir.

Bunların arasında, karşılaştığı güçlükleri çözmek için İslâm âlemini dolaşarak en tanınmış İslâm bilginlerine danıştıktan sonra Âtıf Hoca'yı da ziyâret eden ve ilmine, fazlına hayran kalanlardan ünlü bir İtalyan müsteşriki, "Arabistan'ı, İran'ı, Hindistan'ı, Efganistan'ı, Turan'ı, her tarafı gezdik, her yerdeki en ünlü bilginlerle şu ya da bu mes'eleyi görüşüp tartıştık. Gelgelelim, hiçbiri, Muhammed Âtıf Efendi'nin verdiği cevâbı veremedi." demiştir.

Bir gün, Aksaray'daki evine giderken, Zeyneb Kâmil konağının önünde Arap kıyafetindeki biriyle karşılaşan Muhammed Âtıf Efendi, bu şeyhin, kendisini görür görmez yanına koşarak: "Siz, İskilipli Muhammed Âtıf Efendi Hoca değil misiniz Ben, tâ Bağdat'tan sizin elinizi öpmeğe geldim" dediğine tanık olmuştur.