Hain diye üzerine iftira atılan Âtıf Hoca, Yunanlıların İzmir'i işgali üzerine, İzmir'e yapılan alçakça saldırı ve tecâvüzü protesto amacıyla ortak bir bildiri yazarak İ'tilâf Devletleri temsilcilerine vermiştir.

Tahirü'l-Mevlevî (Tahir Olgun) merhum da Muhammed Âtıf Efendi için şu tanıklıkta bulunmuştur:

"Muhammed Âtıf Efendi'yi âlim ve fâzıl bir hoca olarak tanırım. Memleketine bağlı birçok münevver yetiştirmiş, halâvetli fikir sâhibi bir zâttır."

Hocayı vatana hiyanet etmekle suçladıkları beyanname hakkında Tahir Bey'in açıklaması da şöyledir:

"Kurban Bayramı arefesinde, Âtıf Hoca bana tesâdüfle, Şeyhülislâm Mustafa Sabri Efendi'nin Kuvâyı Milliyye aleyhinde bir beyannâme hazırlatmış olduğunu ve bunu bütün ulemaya imzalattırmak istediğini söyleyince, birlikte Dâire-i Meşîhat'e giderek Mustafa Sabri Efendi'yi gördük ve bu teşebbüsüne şiddetle i'tirâz ederek: 'Nasıl olur Bu işlere bizim karışmamız doğru değildir. Kuvâyı Milliyye'ye karşı harekete geçmek, günâhtır. Esâsen sizin de siyâsetle uğraşmanız câiz değildir. Vazgeçin bu işten' dedik."

"Bunu müteâkıp, yirmi bin nüsha basılan bu beyannamelerden de anlaşılacağı veçhile biz, hattâ Mustafa Sabri Efendi'nin dâmâdı Zeki Bey'in hükûmet nâmına vâki' olan tehdîtlerine rağmen, Âtıf Hoca ile mukavemet ederek bunu imzalamaktan istinkâf ettik. Bunun üzerine, birkaç gün sonra, Zirâat Nezâretindeki vazîfemden azledildim."

Âtıf Efendi'yi mahkemeden önce asmaya karar verdikleri için beyanname konusundaki savunmasını ve gazeteye gönderdiği tekzîbi de kabul etmemişlerdir; savunmanın bu kısmı şöyledir:

Frenk Mukallitliği kitabından herhangi bir suç unsuru bulamayan Ali (Çetinkaya) çıldırdı.

-Öyleyse Mustafa Sabri başkanlığında hazırlanan beyanname hakkında ne dersin

-O beyanname bizim dışımızda hazırlanmış. Tahirü'l-Mevlevi ile birlikte karşı çıktık, imzalamadık. Daima Kuva-yı Milliye'yi destekleyen konuşmalar yaptık, vaazlar verdik. Bakın size bir belge arz edeyim.

-Ne belgesi

-Vakit Gazetesi'nin 1034. nüshasında yayınlanan tekzipnamem (iftirayı yalanlama belgem).

-Gördün ki Yunan tayyareleriyle atılanlar aksi tesir yaptı; sen de vaziyeti kurtarmak için böyle yaptın.

-Eğer böyle olsaydı cemiyete devam ederdim. Halbuki devam etmedim. Bu da bir delildir.