İstanbul'un fethi sırasında kuşatma süreci oldukça zorlu ve çetin geçmişti. Osmanlı devlet adamlarının arasında kuşatmaya karşı çıkanlar vardı. Kuşatma sırasında meydana gelen başarısızlıklarda ordu ikiye bölünüp panik havası oluşmuş ve çözülme başlamıştı. Fetih, İkinci Mehmed'in başarısız olanları zamanında cezalandırıp yeni hamleler yapmasıyla mümkün olmuştu

İkinci Mehmed, İstanbul'un fethi için çok iyi hazırlık yapmıştı. Kuşatma sırasında gerek şehri daha iyi sıkıştırmak, gerekse İstanbul'a yardım gelmesini engellemek için donanmanın oynayacağı büyük rolün farkına varmış ve birçok yeni gemi inşa ettirmişti. Kaptanıderya Baltaoğlu Süleyman Bey, savaş ve nakliye gemilerinden oluşan irili ufaklı sayısı 400'e varan Osmanlı donanmasıyla kuşatmaya katıldı. Baltaoğlu komutasındaki Osmanlı donanması, dışarıdan yardım gelmesini engellemek ve Haliç'e girmekle görevlendirildi. 9 Nisan'da Osmanlı donanması Haliç'e gerilen zinciri geçmeye teşebbüs etti, ancak başarısız oldu. Baltaoğlu, 18 Nisan'da başta Büyükada olmak üzere bütün adaları fethetti.
Fatih, İstanbul'a giriyor.
MORAL BOZAN MAĞLUBİYET
20 Nisan 1453 sabahı İstanbul'a yiyecek ve yardım getiren üç Ceneviz ve bir Bizans gemisi şehrin önlerinde göründü. İyice yaklaştıkları bir sırada rüzgâr ansızın durdu. Gemiler denizin ortasında kalakalınca Osmanlı donanması dört gemiyi kuşattı. Yedikule önlerindeki mücadele saatlerce sürdü. Rüzgârın çıkmasıyla birlikte kürekli Osmanlı gemilerini kolayca yaran yüksek bordolu Ceneviz gemileri Haliç'e girdi. İkinci Mehmed, Osmanlı donanması ile düşman gemilerinin mücadelesini Zeytinburnu önlerinde atının üzerinde takip etmişti. Düşman donanmasının kuşatmayı yarması üzerine çok sinirlenip atını denize sürdü.
Mücadelede Baltaoğlu Süleyman Bey de yaralanmıştı. Baltaoğlu'nun bütün gayretlerine rağmen düşman gemilerinin İstanbul'a yardım ulaştırması Osmanlı ordusunda morallerin bozulmasına yol açtı. Bu durum Bizanslılar arasında büyük bir sevinç, Osmanlı ordusunda ise büyük bir hüsran duygusu doğurdu. Osmanlı ordusu arasında bölünmeye sebep oldu.
Dönemin kaynaklarının ifadesiyle asker "fırka fırka" (parça parça) olup, bu olay ehl-i İslam arasında bıkkınlık ve perişanlık duygusunun yayılmasına sebep oldu. Veziriazam Çandarlı Halil Paşa'nın başını çektiği fethe muhalif grup, kuşatmanın derhal kaldırılması gerektiğini daha yüksek sesle dile getirmeye başladı.
Fatih atını denize sürüyor.
BAŞARIZ OLANLAR AZLEDİLDİ
Orduda muhasarayı başarısızlığa uğratabilecek büyük bir moral bozukluğu oluşmuştu. Fatih bu yeni gelişme karşısında ne yapacağına dair tereddüde düştü. Nasıl hareket etmesi gerektiğine dair hocası Akşemseddin'in fikirlerini sordu. Sultana bir mektup yazan Akşemseddin asla tereddüt etmemesi, tereddüt ederse askerin moralinin daha da bozulacağını ve düşman donanmasının geçmesinde kusuru bulunanların vakit geçirilmeden cezalandırılmasını söyledi. Akşemseddin'in uyarılarından sonra genç sultan, düşman gemilerinin İstanbul'a ulaşmasında ihmali olanları sert bir şekilde cezalandırmaya başladı.
İkinci Mehmed, ertesi gün surların önündeki karargâhından ayrılarak donanmanın bulunduğu Beşiktaş'a geldi. Donanma komutanına karşı öfkeyle doluydu. Kaptanıderyayı çağırıp, "İslam dinine ihanet ettin ve efendin olan bana ihanet ettin, emrinde onca gemi varken, denizin orta yerinde kalakalmış dört Hıristiyan gemisiyle savaşmak çok kolayken onları neden ele geçiremedin Onları ele geçiremezsen, Haliç'teki donanmayı zaptetmeyi nasıl umarsın" diye bağırdı.
Baltaoğlu, sultana "Sultanım, basiret gözünüzle bakarsanız, kalbiniz olup biteni tasdik edecektir. Yalvarırım bana karşı öfkeye kapılmayın. Gördüğünüz üzere sadece benim kadırgamda, Hıristiyanlarla çarpışırken 115 Müslüman şehit düştü" dedi. Ancak Fatih başarısızlığı affetmedi. Tarihçi Dukas'a göre Baltaoğlu dört kişi tarafından padişahın önünde yere yatırıldı. İkinci Mehmed, elindeki altın asayla Süleyman Bey'e 101 defa vurdu.
İkinci Mehmed, Kaptanıderya Baltaoğlu Süleyman Bey'in idam emrini verdiyse de bazı devlet adamlarının araya girmesiyle idamdan vazgeçti ve görevinden azletti. Yeni kaptanıderya olarak da Çelebi Mehmed dönemi denizcilerinden şehit Çavlı Bey'in oğlu Hamza Bey'i tayin etti.
Deniz savaşı.
ASKERİN MANEVİYATI YÜKSELDİ
Baltaoğlu'nun azlinin ardından başarısızlığın izlerini silecek ve askerin maneviyatını yükseltecek tedbirler alındı. Çok önceden hazırlanmış plan hemen uygulamaya konuldu. Donanmaya ait bir kısım gemiler karadan çekilerek Haliç'e indirildi. 70 kadar geminin Haliç'te ansızın görülmesi önceki başarısızlığın üstünü örttüğü gibi, askerin maneviyatını da yükseltti. Bizans'ta ise büyük bir şaşkınlık ve hayal kırıklığına yol açtı.
Gemilerin Haliç'e indirilmesi harekâtını başarıyla icra eden Hamza Bey, kuşatma sırasında Marmara surlarını baskı altında tuttu. Son hücumda Haliç'teki zinciri geçip askerleriyle birlikte şehre girmeyi başardı.