Ancak bağımsızlığa rağmen Fransa, Mali üzerindeki etkisini dolaylı yollarla sürdürmüş, ülkenin siyasi ve ekonomik yapısını yönlendirmeye devam etmiştir. Batılı güçler, etkileri altındaki ülkelerde bağımlılığı artırmak ve kontrolü korumak amacıyla iç sorunları derinleştiren politikalar izlemiştir. Bu çerçevede etnik ayrışmaları körükleyen yaklaşımlar öne çıkmış, Mali'de de bunun en belirgin sonucu Tuareg sorunu olmuştur.

Tuaregler, geniş bir coğrafyaya yayılmış, ancak ulusal devlete sahip olmayan bir etnik gruptur. Mali ve Nijer başta olmak üzere farklı ülkelerde yaşayan Tuaregler arasında bağımsızlık talepleri doğmuş, bu da ayrılıkçı hareketlerin ortaya çıkmasına neden olmuştur. Bunlardan Azavad Ulusal Kurtuluş Cephesi (MNLA), Mali'de uzun süre ülkenin siyasi istikrarını zorlayan bir unsur oldu.

Siyasi istikrarsızlık ve ekonomik zorluklar nedeniyle Mali, sık sık darbeler ve çatışmalar yaşadı. 2012'de General Amadu Haya Sanogo'nun gerçekleştirdiği darbe, ülkede büyük bir otorite boşluğu oluşturdu. Bu durumdan yararlanan Tuareg grupları ve silahlı İslamcı örgütler ülkenin geniş bölgelerinde kontrolü ele geçirdi. Bunun üzerine Fransa, 2013'te askeri müdahalede bulundu ve uluslararası destekle bu gruplara karşı operasyon başlattı. Müdahale sonucunda merkezi yönetim güçlendiyse de çatışmalar sona ermedi.

Fransa'nın etkisiyle İbrahim Ebu Bekir Keita'nın cumhurbaşkanı olması, ülkedeki siyasi sorunları sonlandırmadı. 2018 seçimleri tartışmalı geçti, muhalefet hile iddialarıyla sonuçları reddetti. 2020'de ise geniş halk protestoları başladı. Sivil yönetime halk desteğinin azalması sonucu 18 Ağustos 2020'de ordu yönetime el koydu ve Keita istifa etmek zorunda kaldı.