Hüseyin Baykara, tahta geçtikten bir müddet sonra büyük âlim ve mutasavvıf Abdurrahman Câmi (Molla Câmi) Hazretlerinin dedesi Şemseddin Muhammed'in tesbit ettiği ve Belh yakınlarında bulunan Hoca Hayran köyünde (kısaca Hayr Köyü diyorlar) tamamen kaybolmuş halde bulunan Hazreti Ali keremallahûvech Efendimiz'e ait kabrin üzerine türbe yaptırmış, burada daha sonra çarşı ve hamamlarıyla yeni bir köy kurulup vakıflar tahsis edilmişti. Bu köy Hazreti Ali (r.a.) Efendimiz'in bereketiyle yıllar geçtikçe büyüyerek Mezârışerif adıyla Afganistan'ın en büyük şehirlerinden biri haline geldi.

İlk olarak Hazreti Ali'nin (r.a.) türbesi 1118-1157 yılları arasında Horasan'da hüküm süren Büyük Selçuklu Hükümdârı Sûltân Sencer tarafından 1136'da yaptırılmış; ancak Ak Hun'lara başkentlik yapan, Selçuklu büyük hükümdârı Sûltân Alparslan'ın hareket merkezi olan, ilk kâğıt imâl edilen ve Mevlâna Celaleddin Rûmî'nin memleketi Belh Şehri, 1220'de Cengiz Hân'ın bizzat yönettiği Moğol Ordusu tarafından iki kez üst üste yerle bir edilince çevredeki bütün mescit ve türbelerde tahrip edilmiş, Hazreti Ali'nin Türbesi de oldukça zarar görmüştü.

Cengiz'in istilasından sonra Belh Şehri uzun yıllar tamamen yıkılmış bir şekilde harabe olarak kaldı. Hazreti Ali (r.a.) Türbesi ise hepten ortadan kaybolmuştu. Yıllar sonra Abdurrahman Câmi (Molla Câmi) Hazretleri'nin dedesi tarafından mânevi işâretle yeri tesbit edildi. Hüseyin Baykara'nın Şeyhi ve Hocası olan Molla Câmi'nin haber vermesiyle Sûltân Hüseyin Baykara tarafından 261 yıl sonra Hazreti Ali (r.a.) Türbesi itina ile yeniden yapıldı. Hâlen ziyaret edilmektedir

Ebû'l Gâzi lakaplı Hüseyin Baykara 1438 Haziran'ında Herat'ta Muizeddin Ömer Şeyh ile Fîrûze Begüm Mîrânşâh'ın çocukları olarak dünyaya geldi. Anne ve baba tarafından Timurlular hanedanından gelen Hüseyin Baykara, on dört yaşına kadar Herat'ta Devlethâne denen sarayda yaşadı ve burada iyi bir eğitim gördü.

1452'de başkent Herat'a hâkim olan Ebu'l Kasım Babür'ün hizmetine girenler arasında Ali Şir Nevâi'nin babası Kiçkine Bahadır da vardı. Babür Hân, Kiçkine Bahadır ile oğlu Ali Şir'i himayesine aldığı gibi, oğlunun çocukluk arkadaşı Hüseyin Baykara'yı da himayesine almıştı.

Bâbür Han, Ali Şîr'le olan münasebetini babasının ölümünden sonra da kesmemiş, 1456'da Meşhed'e giderken hem Hüseyin Baykara'yı, hem de Ali Şîr'i beraberinde götürmüştü. Fakat Bâbür Meşhed'de 1457'de vefât etti. Bunun üzerine Ali Şîr Meşhed'de kalarak tahsiline devam ederken, Hüseyin Baykara Merv'e gitmeye karar verdi. Burada Merv Hâkimi Sencer Mirza'nın kızı Bike Sultan'la evlendi.

Timur'un torununun torunu olan Ebü'l Kâsım Babür'ün 1457'de vefât etmesi üzerine 11 yaşındaki oğlu Şâh Mahmud, babasının yerine Horasan Hükümdarı olarak Herat'ta tahta geçti. Ancak birkaç hafta sonra, kuzeni İbrâhim Mirza gelerek Mahmud'u Herat'tan uzaklaştırdı. Karakoyunlu Hükümdarı Cihân Şâh da kargaşalıktan yararlanarak 28 Haziran 1458'de gelip Herat'ı işgâl etti. Ancak Akkoyunlu Hükümdârı Uzun Hasan'ın kendi yokluğunda Anadolu'daki topraklarını işgâl ettiğini duyunca geri çekildi. Semerkand Hükümdarı Ebû Said Mirza da kolayca Herat'a girerek bölgeye hâkim oldu.

Kısa bir süre sonra İbrahim ve babası Alaüddevle Mirza, Hüseyin Baykara'nın kayınbabası Merv Hâkimi Sencer Mirza ile Horasan Tahtını ele geçirmek üzere anlaşarak Ebû Said Mirza'nın üzerine yürüdüler. Fakat 1459'un Mart'ında Serahs'ta yapılan meydan muharebesini kaybettiler. İbrahim ve babası savaş meydanından kaçarken, Sûltân Sencer Mirza idam edildi.

Sûltân Sencer Mirza'nın Ebû Said Mirza tarafından idam edilmesi üzerine damadı Hüseyin Baykara sahneye çıktı. Hedefinde Herat'ta tahta çıkıp oturmak bölgeye Hâkim olarak Horasan'daki kargaşalıklara son vermek vardı. Bunun için hazırlıklarını sürdürdü.

Hüseyin Baykara önce Herat'ta oturan Ebû Said Mirza'nın Muhammet Ali Bahşi komutasındaki üç bin kişilik ordusunu bir punduna getirip elindeki küçük bir kuvvetle dağıttı. Daha sonra üzerine gönderilen Sogdlu Said bin Hüseyin'i bozdu. Ardından 1461'de Mahmut Mirza'yı yenerek Hazar'ın 35 km. güneydoğusunda bulunan Esterâbâd ve yöresini ele geçirdi.

1464'te yürüdüğü Turşiz'de, Emir Muhammed Ali Yahşi'nin kuvvetlerini dağıttı. Yetmedi aynı yıl Horasan'a bir baştan bir başa hâkim oldu. Beklediği fırsatı 1468 yılında Ebû Said Mirza'nın Akkoyunluların üzerine yürümesi üzerine 4 yıl sonra yakaladı. Ebû Said Mirza, Uzun Hasan'la Karabağ yakınlarında yaptığı savaşı kaybederek esir düşmesi ve bir müddet sonrada öldürülmesi üzerine 1469 Mart'ında Herat şehrine girdi ve Horasan tahtına oturdu.

Bu arada aynı yıl Şahruh'un oğlu Baysungur'un torunu Yadigâr Muhammet Mirza'nın Türkmenlerden kurduğu büyük bir kuvvetle Esterâbâd üzerine yürüdüğünü haber alınca hızla hareket etti ve Derbend-i Şahan'da yolunu keserek ordusunu dağıttı. 1470'te yeniden kuvvet toplayarak bu kez de çılgınca bir düşünceyle Herat'a yürüyen Yâdigâr Muhammed'i fena bir şekilde bozguna uğrattı ve bölgede tam hâkimiyeti sağladı. Böylece Timur'un torunları arasındaki taht kavgalarına son verdi. Herat'ı başşehir yaptı.

Bundan sonra 36 yıl sürecek Herat uygarlığı olarak anılacak olan saadetli yıllar başlamış oldu. Hüseyin Baykara'nın döneminde, hâkim olduğu yerlerde sulh ve sükûn hüküm sürdüğü gibi, başkent Herat'da bir kültür merkezi durumuna geldi ve ünü bütün dünyaya yayıldı.

Timurlu soyunun son büyük hükümdârı olan Hüseyin Baykara'nın ilk yaptığı işlerden biri Herat'taki sarayını bir bilim yuvası hâline getirmek, döneminin önde gelen âlimleri ve sanatçılarını koruma altına almak olmuştu. O'nun zamanında yalnızca Herat'ta öğrenim gören öğrenci sayısı on iki bin kişiyi bulmuştu.

Öyle ki, can dostu olan Ali Şir Nevâi bir süre sonra Sûltân'ın divan beyi ve nedîmi oldu. Hükümdardan sonra idârede söz ve en büyük nüfuz onundu. Ali Şir Nevâî'ye büyük bir saygı duyan Hüseyin Baykara 1490'da yayınladığı bir fermanla herkesin bu büyük şâire hürmet etmesini emretti. Ali Şîr Nevâî manzum ve mensur eserleriyle sadece Çağatay edebiyatının değil bütün Türk edebiyatının önde gelen isimlerindendi.

Başta Hüseyin Baykara'nın çocukluk arkadaşı ve baş veziri Ali Şir Nevâi olmak üzere, "Tezkiretü'ş-Şûâra"nın yazarı ve tezkire sahibi Devletşâh, ünlü tarihçiler Mirhant ile Handemir, meşhûr minyatürcü Behzat, Süheylî, Hâtifî, Hilâlî ve pek çok hattat, bilgin, sanatçı ve şâirler Herat'taki Devlethâne'yi âdeta Bilimler Akademisine çevirmişlerdi. Zâten Hüseyin Baykara, Hüseynî mahlasıyla Türkçe ve Farsça şiirler de yazıyordu. Hüseyin Baykara değerli bir şair, aynı zamanda bir bilgin, besteleri olan bir mûsikişinas, seçkin bir hattattı.

Yazdığı Divan'ındaki gazellerin hepsini remel vezniyle yazmış, böylece Türk Edebiyatı'na ayrı bir özellik katmıştır. (Yeni Türk edebiyatında da remel vezni önemini korumuş, özellikle Mehmed Âkif Ersoy ile Muallim Nâci'nin en çok kullandıkları bahir olmuştur.) Heyecanlı, çekici ifadeler, tasvir güzelliği, canlı bir söylemi vardır. Dili çok güzel kullanmış ve Türkçe bir divânın sahibi olan şâir hükümdâr şiirlerinde yabancı sözcüklere hemen hemen hiç yer vermemiştir.

Hüseyin Baykara, Muhâkemetü'l-Lügateyn adlı ünlü eserin sahibi Ali Şir Nevâi ile Türkçe'nin devlet ve edebiyat dili olması için çalışmış, Türkçe yazmayı emreden ferman çıkarmıştır. Hatta bununla da yetinmeyerek, ağır devlet sorumluluğunun yanı sıra âşık biri olarak Türk şive ve ağızlarına sahip çıkmıştır. Ali Şir Nevaî, Baykara için Türk şivelerini en iyi bilenlerden birisidir demiştir.

Dolayısıyla Hüseyin Bayakara'nın en büyük hizmeti Türk dilini ve kültürünü koruması olmuştur. Onun zamanında Çağatay Türk Edebiyatı altın devrini yaşamış ve Türkçeye olan itibar artmıştır. Hüseyin Baykara bununla kalmamış, tarihte "Baykara Meclisleri" olarak anılan edebî ve bilimsel toplantılara yer vererek bilim ve sanata ne kadar değer verdiğini göstermiştir.

Hüseyin Baykara'nın Osmanlı Sûltânı II. Bâyezid tarafından hatırının çokça sayıldığı da bilinmektedir. Hatta şâir Behişti mahlaslı Ahmed Sinan Çelebi'nin, Hüseyin Baykara'nın ricâsı üzerine II. Bâyezid Hân tarafından affedildiğini yine Osmanlı şûarâ tezkireleri kaydetmektedir. Olay şöyle olmuştur. Gelibolulu Ali'nin "vaz'-ı nâ-şâyeste" sebebiyle dediği, yâni hakkında hukuki ve cezai işlem yapılacağını peşinen kabûl ederek söylediği olumsuz sözler ve davranışlar üzerine Ahmed Sinan Çelebi ülkeyi terk etmek zorunda kalmış ve bir başka Türk ülkesine Hüseyin Baykara'nın yanına gitmiştir.