Konyalı bir talebesi Bediüzzaman Hazretlerini ziyaret ettiği zaman "Hazret-i Mevlâna benim zamanımda gelseydi Risale-i Nur'u yazardı. Ben de onun zamanında gelseydim Mesnevî- i Şerif'i yazardım. Çünkü, o zamanda İslâm'a hizmet Mesnevî tarzındaydı. Bu zamanda ise, Risale-i Nur tarzındadır" diyen Bediüzzaman Hazretleri gerçek bir eğitimciydi.

Bediüzzaman'ın temel referans kaynağı Kur'ân-ı Kerîm'dir. Merhum Mehmet Âkif'in "Doğrudan doğruya Kur'ân'dan alıp ilhamı, asrın idrakine söyletmeliyiz İslâm'ı" beytiyle, temenni ettiği hakikate mazhar olmuştur. Asrın manevî bir doktoru gibi hastalığın ne olduğunu teşhis etmiş ve ona münasip ilâçları Kur'ân eczanesinden terkip etmiştir.

"Bu memleket insanının kalp hastalığı zaaf-ı diyanettir, iman zayıflığıdır. Ancak, onu takviye ile sıhhat bulabilir" tespitiyle, geleneksel ve taklit mertebesindeki bir iman yerine, akla, mantığa, ilme ve araştırmaya dayalı tahkikî bir imanın ispatını esas almıştır. Âdeta bir arabanın motorunu üretme vazifesini üstlenmiştir. ünkü, motoru olmayan bir araç hiçbir iş görmez. Tahkikî bir imandan yoksun olan mü'minlerin durumu bunun gibi olduğu, toplum hayatındaki İslâmî yaşantıdan görülmektedir.

"Bizim düşmanımız cehalet, zaruret ve ihtilâftır. Bu üç düşmana karşı sanat, marifet ve ittifak silâhıyla cihad edeceğiz" diyen Bediüzzaman Hazretleri, cahilliğe karşı ilim öğrenmeyi esas almaktadır. Zira ilim öğrenmek, erkek ve kadın her Müslümana farzdır.

Bediüzzaman'ın hayatı boyunca takip ettiği en büyük hedeflerinden biri de, Kafkas, İran, Pakistan ve Arabistan'ın ortasında bulunan ve Bitlis, Diyarbakır ve Van illerinde şubeleri bulunan bir İslâm üniversitesi projesidir. Din ilimleri ile fen ilimlerinin orada birlikte okutulmasıdır. Gerekçesini de mealen şöyle izah eder: Aklın nuru medeniyet fenleridir. Vicdanın ziyası da din ilimleridir. İkisinin birlikte okutulması ile hakikat tecelli eder, talebenin gayreti yükselir. Birbirinden ayrıldığı zaman, birinden hile ve şüphe, diğerinden taklit ve taassup meydana gelir. Bu tespitin ne kadar önemli olduğu, bir asırdan beri yeterli din eğitimi almayan gençliğin anarşist ve perişan halinde açıkça görülmektedir.

Bahsi geçen İslâm üniversitesi projesinin önemini Sultan Reşat'a kabul ettiren Bediüzzaman, on dokuz bin altın tahsisatın bin lirası Van Valiliğine gönderildiği zaman üniversitenin temelini atmış fakat 1. Dünya Savaşı başlamasıyla bu teşebbüs geri kalmıştır.