Mütarekede İstanbul Fener Rum Patrikhanesi'nin dünya milletlerine hitaben yayımladığı bir bildiride "Canavar, zalim Kemalistlerin zulmünden, biz Hıristiyanları kurtarmaya geliniz. Ankara'daki zehirli yuvalarını yıkmak için acele ediniz!" deniliyordu. İstanbul Fener Rum Patrikhanesi, Papa Eftim'e gönderdiği talimatta ise 'çeteciliğe önem vermesini, asayişin ihlali için çalışmasını ve daima İslam ve Milli Mücadele aleyhinde şikayette bulunmasını' istiyordu.

Oysa Papa Eftim, bunun tam tersini yaptı! Papa Eftim'in Keskin'den bütün Hıristiyanlık alemine hitaben yayınladığı beyanname, dönemin Rum Patriği'nin hiç hoşuna gitmedi. Patrik, Papa Eftim'e bir genelge gönderdi. Genelgede Türkiye'nin Yunanistan'a verilmekte olduğunu ve Türk hükümetinin meşruiyetinin kalmadığını söyleyerek Anadolu'daki Ortodoksların Türk tabiiyetinde kalmalarının gereksiz olduğunu belirtti. Bununla da yetinmeyen Rum Patriği, dönemin sadrazamına başvurarak Aralık 1918'de Papa Eftim hakkında bir tutuklama kararı çıkarttı.

Papa Eftim, Fener Rum Patrikhanesi'nin Milli Mücadele aleyhine takındığı tutuma karşılık Milli Mücadele'ye bizzat destek verdi ve Türkiye'ye olan sevgisini şu sözlerle dile getirdi: "Ben Türk dostu Eftim değil, Türk oğlu Türk Eftim'im. Ben, her zaman, her yerde Türk olduğumu beyan ettim. Bir yabancı, Türk dostu olabilir. Fakat benim gibi halis bir Türk vatandaşının, yabancı bir Türk dostu gibi gösterilmesi, onun milliyetinden şüphe edilmesine delalet eder ki bundan incinmemek, üzülmemek imkansızdır. Bana Türk demeyip, Türk dostu diyenleri hiçbir surette affedemem."

Papa Eftim, İstanbul Fener Rum Patrikhanesi'nin din ile milliyeti birbirine karıştırdığını söyleyerek, Anadolu'daki Hıristiyanların baskı altında oldukları iddialarını kesinlikle reddetti. Bu iddialardan sonra Papa Eftim, Patrikhane'nin çıkaracağı karışıklıklara karşı Anadolu'yu karış karış gezdi ve Patrikhane ile bağlantılarını tamamen kopardı ve "Türk Ortodoks Patrikhanesi" kurulması fikrini ortaya attı. Bu fikir 21 Ocak 1921'de kanun teklifi olarak hazırlandı, 3 Mayıs 1921'de kabul edildi. Papa Eftim, yayınladığı bildiride, bütün Ortodokslardan Anadolu'da başlatılan Milli Mücadele'ye destek vermelerini ve kötülüğe alet olmamalarını istedi.

Anadolu'da bulunan 72 kilisenin patrik vekili olan Eftim'in bu tutumu, Osmanlı Sarayı'nda da tepkiyle karşılandı. İstanbul Hükümeti derhal tutuklanmasını emretti. Bu emir, Keskin Kaymakamı Avni Bey tarafından yerine getirilmedi.