Atatürk, 1925'te çıktığı yurt gezisinde Kastamonu'da konuşurken; tarikatlar, tekkeler, zaviyeler ve türbeler konusuna değindi ve bunların kapatılmaları gerektiğini belirtti, "Ey Millet! İyi biliniz ki Türkiye Cumhuriyeti, şeyhler, dervişler, müritler, meczublar memleketi olamaz. En doğru, en gerçek tarikat, uygarlık tarikatıdır. Tarikatların başları bu dediğim gerçeği bütün açıklığı ile anlayacak ve kendiliklerinden tekkelerini kapatacaklardır" dedi. Bu yasa ile Türkiye Cumhuriyeti içinde kurulan veya mülk olarak bir şeyhin kullanımında olan tekke ve zaviyelerden, cami ve mescit olarak kullanılanlar dışında kalanlar kapatıldı.

Türkiye Cumhuriyeti kurulduktan sonra çıkarılan Tekke ve Zaviyeler Kanunu'na rağmen, bir tek Özbekler Tekkesi'ne dokunulmadı, Atatürk bu tekkeyi kapatmadı. Hatta Nutuk'ta, Özbekler Tekkesi'ne tam 13 sayfa yer ayırdı! Özbekler Tekkesi, Kurtuluş Savaşı tarihinde önemli bir rol oynadı. Şeyh Atâ Efendi'nin İstanbul'da işgal kuvvetlerine karşı oluşturulan Karakol Cemiyeti'nin üyelerinden olması nedeniyle tekke bir süre Kuvâ-yi Milliye mensuplarından yaralananlar için hastane olarak kullanıldı, ayrıca İstanbul'dan kaçırılan silah ve cephanelerle Anadolu'ya gizlice geçmek isteyen, içlerinde İsmet İnönü, Adnan Adıvar, Halide Edip Adıvar, Mehmed Akif Ersoy, Kazım Orbay, Yunus Nadi gibi önemli isimlerin bulunduğu kişilerin ilk durağı haline geldi.

Özbekler Tekkesi, Karakol Cemiyeti üyeleri için bir misafirhane, hastane, cephane, postane teşkilatı olarak hizmet verdi. Hastane özelliğinin yanında, aynı zamanda bir posta merkezi gibi de çalıştı. İstanbul'dan Anadolu'ya, Anadolu'dan İstanbul'a en emniyetli haberler bu kanaldan ulaştı. Bilhassa Anadolu'ya kaçan mücahitlerin İstanbul'daki aileleriyle irtibatları bu posta yolu vasıtasıyla temin edildi.

Milli Mücadele yıllarında Özbekler Tekkesi'nin başında bulunan Şeyh Atâ Efendi, Karakol Cemiyeti'ne mensup olması ile Millî Mücadele'de önemli rol oynadı. Özbekler Tekkesi, Karakol Cemiyeti'nin İstanbul ile Anadolu arasındaki faaliyetlerini gerçekleştirirken kullandığı gizli merkez konumuna geldi. İstanbul'dan Anadolu'ya geçmek isteyen Milli Mücadele yanlılarına ev sahipliği yaptı.

İstanbul'dan Anadolu'ya geçişin başlangıç noktası Özbekler Tekkesi'dir. Anadolu Yakası'nda bulunması, organizasyonların kolaylığı açısından çok büyük avantaj sağlamıştır. 16. yüzyılda Orta Asya'dan gelen Müslümanların hacca gitmeden önce İstanbul'u ziyaret etmeleri adettenmiş. Bu kişiler aynı zamanda halife olan padişaha saygılarını iletip hac için izin almaya gelirlerdi. 18. yüzyılda dönemin Osmanlı padişahı, Sultantepe'de konaklayan Özbek hacı adaylarının çadırlarına rastlayıp kendisine gösterilen konukseverlikten etkilenmiş. Nakşi şeyhine her yıl konakladıkları yerde bir tekke yaptıracağına dair söz vermiş.