Mavi Marmara gemisine silahlı müdahalenin İsrail iç siyasetine bir başka yansıması ise, İsrail Savunma Bakanı Ehud Barak'ın, son dönemdeki gelişmelerin daha etkin bir hükûmet ihtiyacını ortaya koyduğunu söyleyerek, koalisyona Tzipi Livni liderliğindeki Kadima Partisi'nin de katılmasıyla bir ulusal cephe hükûmeti kurulmasını istemesidir. İsrail Dışişleri Bakan Yardımcısı Daniel Ayalon, gemide HAMAS'a silâh götürdüklerini iddia ederek müdahaleyi savunarak bağımsız amaçlarla bu girişimi sonlandırmaya karar verdiklerini, uluslararası güçlere birlikte çalışma çağrısı yaptıklarını ifade etmiştir.

Gazze'deki HAMAS sözcüsü Sami Ebu Zuhri, Araplar ve Müslümanlara İsrail büyükelçilikleri önünde "başkaldırı" çağrısında bulunurken, İsmail Haniye de olayı "acımasız bir saldırı" olarak niteleyerek BM Genel Sekreteri Ban Ki Moon'u, bu gemilerde bulunan dayanışma gruplarını korumak ve Gazze'ye güvenle gelmelerini sağlamak konusunda sorumluluklarını üstlenmeye çağırmıştır. Arap Birliği Genel Sekreteri Amr Musa Doha'da yaptığı açıklamada, saldırının ardından ortak bir Arap tutumu benimsemek için Kahire'de toplantı çağrısı yaparken, "İsrail'in düzenlediği kanlı saldırıyla barış istemediğine dâir yeni ve çok güçlü bir mesaj verdiğini" dile getirmiştir.