Mavi Marmara gemisine İsrail'in silahlı müdahalesinin ardından Türkiye, İsrail'deki Büyükelçisi'ni Ankara'ya çağırırken, İsrail'in Ankara'daki Büyükelçisi de Dışişleri Bakanlığı'na çağırmıştır. Geçici üye olarak BM Güvenlik Konseyini (BMGK) acil toplantıya çağırdı. 31 Mayıs 2010 tarihinde gerçekleştirilen 6325 ve 6326 sayılı toplantılardan, olayın kınanması kararıyla birlikte bir soruşturma komisyonu kurulması kararı çıkmıştır. 5 kişiden oluşacak Komisyonun; BM, İsrail ve Türkiye'den üyelerden oluşması, başkanlığının da Yeni Zelanda Eski Başbakanı'nın yürütmesi gündemdedir. BM İnsan Hakları Konseyi de 1 Haziran 2010 tarihinde Cenevre'deki toplantısında, ABD'nin de aralarında olduğu 3 ülkenin olumsuz, 9 ülkenin çekimser oyu karşısında 32 ülkenin evet oyuyla İsrail'in Gazze'ye giden gemiye saldırısı nedeniyle kınaması kararı kabul edilerek bağımsız bir araştırma komisyonu kurulması çağrısı yapılmıştır.

ABD, "BM İnsan Hakları Komisyonu'nun "Gazze Filosu"ndaki ölümler için İsrail'i kınamada aceleci davrandığını "belirtirken, dönemin ABD Dışişleri Bakanı Hillary Clinton, BM Güvenlik Konseyi'nin "çabuk, tarafsız, güvenilir ve şeffaf soruşturma yürütülmesi çağrısını en güçlü biçimde desteklediklerini" belirtmiştir. Daha sonra geçen haberlerde, dönemin ABD Dışişleri Bakanlığı Sözcüsü Philip Crowley'in "soruşturmayı en İsrail'in yürütebileceğini" belirtmesi, ABD ile İsrail'in "Gazze Filosu" olayını soruşturacak komisyonunun yapısı ve görev yönergesi konusunda anlaşması, komisyonda bir Amerikalı ve bir Avrupalı gözlemcinin bulunacağı yönündeki açıklamalar; ABD'nin İsrail'e bu konuda destek vererek İsrail ile ilgili politikasının yara almamasını sağlamaya çalışırken, BM Komisyonu'nu da desteklemesi, Barack Obama'nın dış politikada çok taraflılık yaklaşımını destekler nitelikteydi. Bu olayda İsrail'in desteklenmesi, ABD'deki Yahudi lobilerinin etkisinin bir sonucudur.