Türkiye ve Yunanistan arasındaki kronikleşmiş ihtilafların odak noktasını, Ege Denizi'ndeki (veya bir diğer adlandırmayla Adalar Denizi) ve Akdeniz'deki deniz yetki alanlarının sınırlandırılması problemi oluşturmaktadır. 1974 Kıbrıs Barış Harekatı bu uyuşmazlığı derinleştirmiş, 2000'li yılların başında Doğu Akdeniz'de doğal kaynak havzalarının keşfiyle birlikte zirveye ulaşmıştır. ABD ve Avrupa ekseninde güvenlik paradigmalarının yeniden şekillendiği, Türkiye'nin bu yeni mimarideki rolünün tartışıldığı kritik bir konjonktürde artık Yunanistan ile olan ihtilaflar Türk-AB ilişkilerinin seyrini doğrudan etkileyebilecek bir mahiyet arz etmektedir. Atina yönetimi zaman zaman "deniz alanları haritası" yayımlayarak kendi maksimalist tezlerini hukuki ve coğrafi birer gerçeklik gibi dikte etmeye çalışmakta, Türkiye'nin meşru deniz yetki alanlarını ise görmezden gelmektedir.
Özetle ifade etmek gerekirse meselenin en başta Yunanistan hem Ege Denizi'ndeki hem de Akdeniz'deki adaları için 12 deniz mili esasına dayalı bir yetki alanı iddiasında bulunmaktadır. Bu senaryonun tüm adalar için hayata geçirilmesi, Ege Denizi'nin yüzde 70'inden fazlasının tek taraflı olarak Yunan egemenliğine devredilmesi anlamına gelmekte ve Doğu Akdeniz'de Türkiye'nin kıta sahanlığını anlamsız hale getirmektedir. Böylesi bir sınırlandırma, uluslararası hukuk gereğince "açık deniz" (uluslararası sular) statüsünde kalması gereken alanları ölçüsüzce daraltarak uluslararası deniz hukukunun en temel ilkelerinden biri olan seyrüsefer serbestisini (freedom of navigation) ciddi şekilde ipotek altına almaktadır. Bunun da ötesinde böyle bir paylaşım, adaların kıta sahanlığı ve münhasır ekonomik bölgesi ile birlikte düşünüldüğünde, canlı ve cansız deniz kaynaklarının hakkaniyete uygun paylaşımı noktasında Türkiye aleyhine açıkça adaletsiz bir durum yaratmaktadır.
Yunanistan, mevcut durumda adalar da dâhil olmak üzere 6 mil olarak uygulanan karasularını 12 mile çıkarma hedefini her fırsatta saklı bir hak gibi ileri sürmektedir. Bu iddiayı temellendirirken de tarafı olduğu 1982 tarihli BM Deniz Hukuku Sözleşmesi'nin (BMDHS) 3. maddesinde öngörülen 12 millik üst sınırı, coğrafi özelliklerden bağımsız bir "doğal hak" olarak yorumlamaktadır. Buna karşılık Türkiye, Ege Denizi'nin kendine has (sui generis) coğrafyasını, Türk anakarasına çok yakın konumdaki Yunan adalarının varlığını ve uluslararası yargı içtihatlarındaki benzer örnekleri referans göstererek çözümün ancak iki devlet arasında akdedilecek hakkaniyetli bir sınırlandırma andlaşması ile mümkün olabileceğini, karasuları, kıta sahanlığı ve münhasır ekonomik bölge gibi alanların özel bir şekilde dizayn edilmesi gerektiğini savunmaktadır.
Türkiye bu haklı hukuki tezlerini pekiştirmek ve Ege'de aleyhine bir bölgesel teamül hukukunun (regional customary international law) oluşmasını engellemek adına stratejik adımlar atmıştır: 1) Türkiye, sözleşmenin getirdiği rejimin Ege'nin ve Doğu Akdeniz'in özel şartlarına uymaması nedeniyle 1982 tarihli BM Deniz Hukuku Sözleşmesi'ne taraf olmamıştır. 2) Sözleşme öncesi ve sonrasındaki süreçte 12 mil uygulamasının Ege'de bir kural haline gelmesini engellemek için uluslararası hukukta "ısrarlı itirazcı" (persistent objector) statüsünü sürdürmüştür. 3) Yunanistan'ın karasularını genişletme beyanlarına karşı 1995 yılında TBMM tarafından müşterek bir şekilde "casus belli" (savaş nedeni) kararı alınmıştır. Bu kararla hükümete, Yunanistan'ın karasularını 6 milin üzerine çıkarması halinde askeri önlemler de dâhil olmak üzere her türlü tedbiri alma yetkisi verilmiştir. Güncel durumda her iki ülke de Ege Denizi'nde 6 millik karasuları sınırını uygulamaya devam etmektedir. Atina yönetimi dönemsel olarak siyasi demeçler, uluslararası raporlar veya "deniz alanları planlama haritaları" vasıtasıyla 12 mil stratejisini canlı tutmaya çalışsa da Türkiye'nin kararlı hukuki ve diplomatik duruşu karşısında bu tezlerini fiiliyata dökememektedir.
Uluslararası Hukukun Yaklaşımı
1982 tarihli BM Deniz Hukuku Sözleşmesi'nin (BMDHS) karasularına ilişkin hükümlerinin uluslararası teamül hukukunun bir parçası haline geldiği kabul edilse de söz konusu norm karasularının genişliği için mutlak bir kural değil, yalnızca 12 deniz millik bir üst sınır öngörmektedir. Dolayısıyla devletler, ilgili deniz alanının coğrafi hususiyetlerini dikkate alarak bu sınırın altında bir genişlik belirleme yetkisine sahiptir. Ege ve Akdeniz de bu hususiyetlere sahiptir. Yunanistan'ın iddialarının aksine BMDHS devletlere otomatik veya mutlak bir "12 mil hakkı" bahşetmemektedir. Yalnızca coğrafi şartların elverdiği ölçüde bu sınıra kadar genişletme yetkisi tanımaktadır.
Nitekim günümüz devlet pratiğinde diğer kıyıdaş devletlerin meşru hak ve menfaatlerini ihlal etmemek adına 12 millik üst sınırı uygulamayıp daha dar karasuları benimseyen pek çok örnek mevcuttur. Kaldı ki Türkiye, uluslararası hukukun yerleşik bir müessesesi olan ısrarlı itiraz (persistent objection) doktrini uyarınca Ege Denizi'ne yönelik 12 mil iddiasına ilk andan itibaren istikrarlı bir şekilde karşı çıkmıştır. Bilindiği üzere bir teamül hukuku kuralının oluşum evresinde kuralı açıkça ve sürekli olarak reddeden bir devlet o kuralın hukuki bağlayıcılığına tabi olmaz. Bu bağlamda, Atina'nın sıklıkla öne sürdüğü "12 mil hakkının uluslararası teamül hukukundan kaynaklandığı" tezi Ege Denizi özelinde hukuken geçersizdir. Ege'de fiili bir bölgesel teamülden bahsedilecekse bu ancak her iki devletin de uzun yıllardır sürdürdüğü ve üçüncü devletlere de bu eksende muamele ettiği 6 millik karasuları uygulaması olabilir. Karasuları ile ilgili en azından fiilen 6 mil uygulaması istikrar kazansa da kıta sahanlığı veya münhasır ekonomik bölge sorunu da çözümsüz olarak ortada durmaktadır.
Öte yandan Yunanistan'ın Türkiye anakarasına yakın olan Meis, Midilli veya Kos gibi adalarına da tam yetki alanı talep etmesi işleri daha da çözümsüz hale getirmektedir. Hukukun genel ilkelerinden biri olan hakların dürüstlükle ve başkalarının haklarını engellemeyecek şekilde kullanılması esası Ege Denizi'nin binlerce adayı barındıran yarı kapalı deniz yapısı için temel rehber olmalıdır. Nitekim Uluslararası Adalet Divanı (UAD) da önüne gelen davalarda bir başka devletin kıta sahanlığı içerisinde yer alan adaların tam deniz yetki alanları olamayacağını ifade etmiştir. Buna göre hakça ilkeler temelinde ve coğrafi adalet gereğince başka bir devletin haklarını kısıtlamamak adına ilgili adaya tam etki yerine yarım etki veya duruma göre daha az bir etki tanınabilir. Bu nedenle Türkiye bu sui generis coğrafyanın ancak iki kıyıdaş devlet arasında yapılacak bir andlaşmayla çözülebileceğini savunurken Yunanistan uzlaşıdan kaçarak Ege ve Doğu Akdeniz'de İtalya, Mısır ve İsrail gibi devletlerle sınırlandırma andlaşmaları akdetme yoluna gitmiştir. Viyana Andlaşmalar Hukuku Sözleşmesi'nin (VAHS) temel ilkeleri uyarınca Türkiye taraf olmadığı bu andlaşmalarla bağlı değildir ve kendi haklarını korumaktadır. Hatta Türkiye'yi dışarıda bırakan bu hamleler, Atina açısından diplomatik birer dezavantaja dönüşmüştür. Uluslararası Adalet Divanı deniz yetki alanlarının sınırlandırılmasında bir temel gerçeği istikrarlı bir şekilde vurgulamaktadır: Kıyıdaş devletler arasında doğrudan müzakereler yoluyla yapılacak andlaşmaların en doğru ve kalıcı çözümdür. Divan'ın içtihatları Türkiye'nin tezlerini desteklemektedir. Yunanistan ise hem BMDHS'ye taraf olup hem de BMDHS'nin uyuşmazlık çözüm mekanizmalarından biri olan Divan'a ait kararları görmezden gelmektedir. Türkiye gibi Akdeniz'de en uzun kıyı şeridine sahip ana devletlerden birini yok sayarak yapılan bölgesel andlaşmaların veya fiili uygulamaların hukuken Türkiye'yi bağlaması mümkün değildir.

12