16. asrın sonlarında, (herhâlde çok yıpranmış olduğundan) yıktırılıp 1596'da tekrâr binâ edildi. Müteâkiben, devir devir, tâmirât ve tâdilât geçirmiye devâm etti ve nihâyet Abdülmecîd Han merhûm tarafından yıktırılıp (18461849'da) bütün Ayasofya'nın restorasyonun kendisine tevdî edildiği- İsviçreli Fossati ve ekibine, -Tanzîmât üslûbunda, yânî ŞarklıAvrupaî üslûbda- tekrâr inşâ ettirildi. 20. asra intikâl eden nihâî binâsı budur. 1869'da, 198 talebesiyle İstanbul'un en kalabalık medresesiydi. (Eyice 1991: IV214-215'den hülâseten ve kendi yorumumuzla) Mustafa Kemâl tarafından (3 Mart 1924 Tevhîd-i Tedrîsât Kânûnuyle) Medreselerin kapatılması üzerine âtıl kalan binâsı, 1929'da kimsesiz çocuklara tahsîs edildi ve 1 Haziran 1929'dan îtibâren İstanbul'daki kimsesiz çocukların bir kısmının barınağı hâline geldi. Bu vâkıayı 2 Haziran 1929 târihli Us kardeşlerin- Vakit gazetesinin birinci sayfasında intişâr eden resimli haberle tesbît ediyoruz: "Emanetin kimsesiz çocukların geceleri yatmalarına tahsis ettiği Ayasofya medresesi dünden itibaren açılmıştır. "Emânet"ten kasdedilen, "Şehir Emâneti Şehremâneti", yânî Belediye olsa gerekdir. Dün geceden itibaren kimsesiz olan çocuklardan bir kısmı yurda gelerek yatmıya başlamışlardır. Ayrıca polise de tebligat yapılmıştır. Rast gelen çocukları polis buraya götürecektir. Emanet bunlar için ayrıca bir talimatname hazırlamıştır. Buna nazaran, yurda 16 yaşına kadar olan çocuklar alınacaktır. Buraya ilk giren çocuğa bir hafta müsaade edilecek ve ondan sonra yatacak yer bulması tavsiye edilecektir. Şayet bulamazlarsa tekrar müsaade edilecektir." Sonrası için, Eyice'nin mezkûr makâlesinde aşağıdaki mâlûmât mündericdir: "1934'te Ayasofya Camii'nin Vakıflar İdaresi'nden alınarak Müzeler Genel Müdürlüğü'ne devredilmesinden sonra kısa bir süre daha yurt olarak kullanılmış, 1935 yılında boşaltılmıştır. Bu tarihte Ayasofya'nın etrafını açmak gayesi ve mevcut medrese binasının 'eski eser' özelliğinde olmadığı gerekçesiyle Müzeler İdaresi tarafından tamamen yıktırılmıştır." (Eyice 1991: IV214-215) Buradaki mâlûmâta nazaran, Ayasofya Medresesi, 1935'te yıktırılmıştır: "1935 yılında boşaltılmıştır.